1. 수익사업소득에 대하여 감면 등을 받은 경우

2005.12.31. 개정에 의하여 법인세법 또는 다른 법률에 의하여 감면 등을 적용받은 경우에는 고유목적사업준비금을 설정할 수 없도록 하고 2006.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도에 지출하는 분부터 적용하도록 하였습니다. 이때에 "감면 등을 받은 경우"라 함은 비영리내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법인세법 또는 조세특례제한법에 따라 다음과 같이 감면 등을 적용받는 경우를 말하되 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고한 경우를 제외합니다.

ㆍ비과세ㆍ면제를 받는 경우

ㆍ준비금의 손금산입규정을 적용받는 경우

ㆍ소득공제규정을 적용받는 경우

ㆍ세액감면(세액공제를 제외)규정을 적용받는 경우

2. 이자소득에 대하여 원천징수방법을 택한 경우

비영리법인은 당해 사업연도에서 발생한 이자소득(비영업대금의 이익을 제외하고 투자신탁수익의 분배금을 포함)으로서 법인세법 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 이자소득에 대하여는 법인세법 제60조 제1항의 규정에 의한 신고납부방법과 원천징수된 것으로서 납세의무가 종결된 것으로 하는 원천징수방법 중 법인의 선택에 의하여 적용할 수 있도록 하였습니다. 따라서 법인이 이자소득에 대하여 원천징수방법을 선택한 경우의 당해 이자소득은 별도로 법인세의 신고,납부할 의무가 없으므로 고유목적사업준비금의 설정대상에서 제외하여야 한다.

3. 조합법인 등이 당기순이익과세방법을 택한 경우

조세특례제한법 제72조의 규정에 의한 조합법인 등은 각 사업연도의 소득에 대하여 당해 법인의 결산재무제표상의 당기순이익에 12%의 세율을 적용하여 과세하는 당기순이익과세방법을 선택하여 적용하거나 당기순이익과세방법을 포기하고 일반법인의 경우와 같이 당해 조합법인의 수익사업부문의 각 사업연도의 소득에서 이월결손금, 비과세소득, 소득공제액을 차감한 금액을 과세표준으로 하여 신고,납부할 수 있도록 하였습니다. 따라서 조합법인 등이 수익사업부문의 소득에 대하여 당기순이익과세방법을 선택한 경우에는 고유목적사업준비금을 설정할 수 없습니다.