학교법인은 학교의 경영에 충당하기 위하여 수익을 목적으로 하는 사업을 운형할 수 있다. 수익을 목적으로 하므로 제한적으로 영리성이 있다고 볼 수도 있겠으나, 그 수익의 활용용도가 제한되어 있고, 그 수익을 배분하지 못하므로 영리성은 없다고 보는 견해도 있다. 그러나 법인세법상의 과세소득사업을 운영하는 경우 비영리법인임에도 불구하고 과세되는 것이 일반적인 통설이다.

학교법인은 비영리사업자로 법인 사업자등록증이 아닌 고유번호증을 교부받아 비영리사업만을 수행하고 있으나, 수익사업과 비영리사업의 겸업을 제한하지 않고 있어, 해당사업에 대한 신규수익사업 개시에 따른 별도의 사업자등록증을 신규 또는 변경신청(고유번호 → 일반과세자) 및 부가가치세법시행령 제7조(등록신청과 등록증 교부)에 의거 사업자등록정정신고서를 제출하여 겸업한다면, 대학 등은 비영리사업에 해당하는 매출계산서와 영리에 해당하는 매출세금계산서를 동시에 발행할 수 있다.

따라서 특별법에 의해서 설립된 비영리법인인 학교기업 또는 산학협력단도 사업의 특성상 대부분 고유목적사업과 수익사업을 겸업할 수 있는 사업자등록증을 관할세무서에서 교부받아 사업을 원활하게 수행할 수 있다.