1. 고유목적사업준비금이란-

비영리내국법인이 각 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액에 대해 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 세법에 의한 일정금액을 고유목적사업준비금으로 손금 계상한 경우에는 한도 내에서 법인의 손금으로 인정하는 것이다.

비영리법인의 경우 고유목적사업에 사용하기 위하여 수익사업을 영위하는 것이 일반적이기 때문에 수익사업에서 발생한 소득 전체에 대해 법인세를 부과하는 것이 아니라 발생 소득의 일정부분을 고유목적사업준비금으로 손금에 계상하는 것을 인정하여 세부담을 줄여주는 것이다.

고유목적사업준비금은 법인세법상의 규정에 의한 것으로서 법인세법의 규정에 의한 비영리법인에게만 적용한다. 따라서 등기된 비영리법인과 의제법인인 비영리법인의 경우에만 적용 가능한 것이다. 개인이 비영리사업을 하더라도 이는 법인세법에 의한 고유목적사업준비금전입을 통한 과세면제는 되지 않는다. 따라서 실무상 개인이 고유목적사업준비금전입의 지원을 받는 것은, 반드시 법인등록이 되어 있거나 단체를 결성하고 법인으로 의제신고서를 세무서에 제출함으로 인하여서만 가능하게 되는 것이다.

2. 준비금 설정대상 법인

(1) 법인세법에서 규정하는 비영리내국법인

비영리법인 중 법인격 있는 비영리내국법인은 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입할 수 있습니다. 그러나 비영리내국법인이 이자소득에 대하여 원천징수방법을 택한 경우에는 당해 이자소득에 대하여는 이를 지급받을 때에 원천징수하는 것으로서 납세의무가 종결되므로 당해 이자소득에 대하여는 고유목적사업준비금을 설정할 수 없습니다

(2) 국세기본법 제13조 ① 및 ②의 규정에 의한 법인으로 보는 단체 중 다음의 법인

고유목적사업준비금을 설정할 수 있는 비영리내국법인의 범위는 법인격 있는 비영리법인과 법인으로 보는 단체 중 지정기부금단체 등(법인세법시행령 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체) 및 법령에 의하여 설치된 기금에 한합니다. 따라서 고유목적사업준비금을 설정할 수 있는 비영리법인이 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 순차로 상계하도록 하고 있습니다. 법인세법시행령 제56조 제1항의 규정에서 고유목적사업준비금을 설정할 수 있는 법인의 범위에 종전에는 상속세법시행령 제12조 각호의 1에 해당하는 법인을 포함하도록 하였었으나(구법령 56 ① 2호) 이는 법인세법시행령 제36조 제1항 제1호의 단체와 중복되므로 2001.12.31. 개정에 의하여 이를 삭제하였다.

- 영36 ① 1호 해당 지정기부금 대상이 되는 단체

  - 법령에 의하여 설치된 기금

3. 준비금 설정대상 제외법인

(1) 수익사업소득에 대하여 감면 등을 받은 경우

2005.12.31. 개정에 의하여 법인세법 또는 다른 법률에 의하여 감면 등을 적용받은 경우에는 고유목적사업준비금을 설정할 수 없도록 하고 2006.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도에 지출하는 분부터 적용하도록 하였습니다. 이때에 "감면 등을 받은 경우"라 함은 비영리내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법인세법 또는 조세특례제한법에 따라 다음과 같이 감면 등을 적용받는 경우를 말하되 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고한 경우를 제외합니다.

ㆍ비과세ㆍ면제를 받는 경우

ㆍ준비금의 손금산입규정을 적용받는 경우

ㆍ소득공제규정을 적용받는 경우

ㆍ세액감면(세액공제를 제외)규정을 적용받는 경우

(2) 이자소득에 대하여 원천징수방법을 택한 경우

비영리법인은 당해 사업연도에서 발생한 이자소득(비영업대금의 이익을 제외하고 투자신탁수익의 분배금을 포함)으로서 법인세법 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 이자소득에 대하여는 법인세법 제60조 제1항의 규정에 의한 신고납부방법과 원천징수된 것으로서 납세의무가 종결된 것으로 하는 원천징수방법 중 법인의 선택에 의하여 적용할 수 있도록 하였습니다. 따라서 법인이 이자소득에 대하여 원천징수방법을 선택한 경우의 당해 이자소득은 별도로 법인세의 신고-납부할 의무가 없으므로 고유목적사업준비금의 설정대상에서 제외하여야 한다.

(3) 조합법인 등이 당기순이익과세방법을 택한 경우

조세특례제한법 제72조의 규정에 의한 조합법인 등은 각 사업연도의 소득에 대하여 당해 법인의 결산재무제표상의 당기순이익에 12%의 세율을 적용하여 과세하는 당기순이익과세방법을 선택하여 적용하거나 당기순이익과세방법을 포기하고 일반법인의 경우와 같이 당해 조합법인의 수익사업부문의 각 사업연도의 소득에서 이월결손금, 비과세소득, 소득공제액을 차감한 금액을 과세표준으로 하여 신고-납부할 수 있도록 하였습니다. 따라서 조합법인 등이 수익사업부문의 소득에 대하여 당기순이익과세방법을 선택한 경우에는 고유목적사업준비금을 설정할 수 없습니다.

4. 준비금 설정한도

(1) 일반 비영리법인

1) 이자소득 금액

- 소득세법상 이자소득금액. 다만, 비영업대금이익은 제외한다.

- 소득세법상 증권투자신탁수익의 분배금

- 특별법에 의하여 설립된 비영리법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

- 소득세법 제17조 제1항 제1호[내국법인으로부터 받는 배당금]·제2호[법인으로   보는 단체의 배당금] 및 제6호[외국법인으로부터 받는 배당금]의 규정에 의한 배당소득금액. 다만, 상속세및증여세법 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다.

2) 기타의 수익사업 소득금액

기타의 「수익사업에서 발생한 소득금액」에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액.

[주]：공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80의 율을 적용합니다.

이 경우에 “수익사업에서 발생한 소득”이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법정기부금 및 조세특례제한법 제73조 제1항의 특례기부금을 손금산입하기 전의 소득금액을 말합니다)에서 위의 「이자소득금액·배당소득금액」 및 세법상의 「이월결손금」(5년 공제시한 내의 것을 말함)과 「법정기부금 손금용인액」 및 「조세특례제한법 제73조 제1항의 특례기부금」을 차감한 금액을 말합니다.

고유목적사업준비금 설정한도액 ＝ (이자소득금액 + 배당소득금액) × 100%                        ＋기타의수익사업소득금액 × 50%(장학재단법인은 80%)

(2) 조세특례제한법의 손금산입 특례

1) 소득금액 전액을 손금으로 계상할 수 있는 법인

사회복지법인·사립학교법인·국립대학교병원 등 다음에 열거하는 공익법인에 해당하는 법인에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 법인세법의 고유목적사업준비금 손금산입규정을 적용함에 있어서 당해 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있습니다.

- 사립학교법에 의한 학교법인, 산업교육진흥 및 산학협력촉진에관한법률에 의한 산학협력단 및 평생교육법에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 민법 제32조에 의한 비영리법인

- 사회복지사업법에 의한 사회복지법인

- 국립대학병원설치법에 의한 국립대학병원, 서울대학교병원설치법에 의한 서울대학교병원, 서울대학교치과병원설치법에 의한 서울대학교치과병원 및 국립암센터법에 의한 국립암센터, 지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법에 의한 지방의료원, 대한적십자사 조직법에 의한 대한적십자사가 운영하는 병원

- 도서관 및 독서진흥법에 의하여 등록한 도서관을 운영하는 법인

- 박물관 및 미술관진흥법에 의하여 등록한 박물관 또는 미술관을 운영하는 법인

- 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화예술단체로서 시행령이 정하는 법인

2) 소득금액의 70%를 손금으로 계상할 수 있는 법인

농·수산업 협동조합중앙회의 경우 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 법인세법 고유목적사업준비금 손금산입규정을 적용함에 있어서 당해 법인의 수익사업에서 발생한 소득금액[세무상 이월결손금을 차감한 금액]의 100분의70에 상당하는 금액을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있습니다.

*수익사업 소득금액의 80%를 손금으로 계상할 수 있는 법인[조특법74②]

- 농업협동조합법에 의하여 설립된 농업협동조합중앙회

- 수산업협동조합법에 의하여 설립된 수산업협동조합중앙회

- 산림조합법에 의하여 설립된 산림조합중앙회

3) 기금을 관리·운영하는 비영리법인의 경우

기금관리기본법 별표에서 규정하는 법률에 의하여 설립된 기금을 관리·운용하는 법인 중 일정한 비영리법인이 당해 기금에서 취득한 증권거래법에 의한 주권상장법인 및 코스닥상장법인의 주식을 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 양도함에 따라 소득이 발생한 경우, 당해 소득 전액을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있습니다.

5. 준비금의 상계 및 환입

(1) 상계 및 환입

비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금으로서 그 후의 사업연도에 당해 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용한 금액은 먼저 계상한 고유목적사업준비금을 먼저 사용한 것으로 보며, 손금에 산입한 고유목적사업준비금으로서 그 사업종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용하고 남은 잔액은 그 5년이 되는 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입합니다.

고유목적사업준비금을 5년이 되는 날까지 사용하고 남은 잔액을 익금에 산입하는 경우에, 당해 고유목적사업준비금 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생하는 법인세 차액에 1일 1만분의3에 해당하는 율을 적용한 이자상당액을 당해 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 합니다. 다만, 이자상당가산액의 납부에 관한 규정은 1999.1.1.이후 최초로 개시하는 사업연도에 손금 산입하는 분부터 적용합니다.

* 1일1만분의3의 이자율은 2003년 1월 1일 이후 최초로 법정신고기한이 도래하는 분부터 적용하며, 그 이전에 법정신고기한이 도래하는 분까지는 1일 1만분의4를 적용합니다.

(2) 일시환입

고유목적사업준비금을 손금에 산입한 법인이 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 위 ①의 규정에 불구하고 그 고유목적사업준비금의 잔액을 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입합니다. 다음의 사유로 일시에 익금에 산입하는 경우에는 이자상당가산액을 가산하여 납부하는 규정을 적용하지는 않습니다.

- 해산한 때

- 고유목적사업을 전부 폐지한 때

- 국세기본법에 의하여 법인으로 보는 법인격 없는 단체가 동법의 규정에 의하여 승인이 취소되거나 거주자로 변경한 때

6. 준비금의 사용

고유목적사업준비금은 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금의 지출에 사용할 수 있습니다.

(1) 고유목적사업

고유목적사업이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 법인세법시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말합니다. 즉, 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 사업(다만, 수익사업에서 제외되는 사업은 포함하지 아니한다)에 대하여는 고유목적사업준비금을 사용할 수 없습니다.

다음의 지출은 고유목적사업준비금의 사용에 해당하는 경우입니다.

1) 고유목적사업의 인건비 등 필요경비

비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액은 고유목적사업에의 지출에 해당합니다. 고유목적사업준비금으로 고유목적사업에 종사하는 직원에 대한 퇴직급여충당금을 설정한 경우에는 법인세법 제13조 및 동법시행령 제18조에서 규정하는 범위 내의 금액(퇴직급여충당금의 손금산입한도내의 금액)은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 봅니다.

수익사업을 수행하기 위하여 소요되는 인건비 등은 고유목적사업준비금의 지출로 인정되지 아니합니다.

2) 기금 또는 준비금에의 적립

특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 국세기본법 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험-연금관리-공제사업 및 아래에 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액은 고유목적사업준비금의 지출에 해당합니다.

가. 예금자보호법에 의한 예금보험기금 및 예금보험기금채권상환기금을 통한 예금보험 및 이와 관련된 자금지원-채무정리 등 예금보험제도를 운영하는 사업

나. 농업협동조합의 구조개선에 관한법률 및 수산업협동조합법에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

다. 새마을금고법에 의한 예금자보호준비금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

라. 금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한법률에 의한 부실채권정리기금을 통한 부실채권 인수 및 정리와 관련된 사업

사내근로복지기금법에 의하여 설립된 사내근로복지기금이 법인세법 제29조의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금을 사내근로복지기금법 제16조의 규정에 의하여 기금에 전입한 경우에 그 전입한 금액은 법인세법시행령 제56조 제6항의 규정에 따라 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 봅니다.

비영리내국법인이 각사업연도소득금액 계산시 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 계상한 후 수익사업에서 발생한 소득금액의 일부를 당해 법인의 기본재산에 편입한 경우에는 이를 고유목적사업에 사용한 것으로 보지 아니합니다.

예를 들어,장학사업을 고유목적사업으로 하는 비영리내국법인이 수입한 이자소득에 대하여 법인세법 제12조의 2 제1항의 규정에 의하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 후 당해 이자소득의 일부를 기본재산(장학기금)에 전출한 경우에는 손금에 산입한 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없는 것입니다.

3) 의료법인의 의료기기 등 취득

가. 고정자산의 취득

의료업을 영위하는 비영리내국법인이 의료기기 등 재정경제부령이 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 비록 수익사업용 고정자산의 취득이지만 고유목적사업준비금지출의 대상으로 정하고 있습니다.

2001.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 분부터 준비금상당액을 의료발전회계로 구분하여 경리한 경우에 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 봅니다.

고유목적사업준비금의 지출대상인 의료기기 등 고정자산의 범위는 다음과 같습니다.

- 병원 건물 및 부속토지

- 다음 각목의 의료기기

  - 국민건강보험법에 의한 요양급여의 적용대상이 되는 의료기기 중 취득가액이       100만원 이상인 의료기기

  - 초음파영상기-자기공명영상기-양전자단층촬영기

나. 자산취득자금차입금의 상환과 이자비용

의료업을 영위하는 비영리내국법인이 법인세법시행규칙 제29조의 2에서 정하는 의료기기 등의 고정자산을 취득하기 위하여 차입한 금액을 상환하는 것은 법인세법시행령 제56조 제6항의 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있습니다.

2001년 3월 28일자 법인세법 시행규칙 제29조의2의 개정으로 인하여 의료기기 등이 비록 수익사업용 자산에 해당하지만 의료기기 등을 취득하는 것을 고유목적사업준비금의 지출로 인정하는 점이 있는 반면, 그 의료기기 취득관련 차입금의 상환은 준비금의 지출로 인정하지 아니하는 것이므로 당해 차입금의 이자비용은 당연히 수익사업의 손비로 인정됩니다.

다. 기타 해석사례

- 의료법인의 범위

법인세법시행령 제56조 제6항 제3호에서 규정하는 의료업을 영위하는 비영리내국법인의 범위에 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 운영하는 대학병원이 포함되는 것임.

- 건설가계정에 대한 지출

의료업을 영위하는 비영리내국법인의 "건설가계정"으로 계상된 금액 중 2001.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 법인세법시행규칙 제29조의 2 제1항 제1호에 규정된 병원건물의 신축비로 지출된 금액은 같은법시행령 제56조 제6항 제3호 규정에 의하여 고유목적사업에 사용한 금액으로 보는 것임.

- 의료발전회계

병원건물 등에 고유목적사업준비금을 사용하고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 재정경제부령이 정하는 의료발전회계(고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계)로 구분하여 경리하여야 한다.

- 의료발전준비금의 환입

의료업을 영위하는 비영리내국법인이 법인세법시행규칙 제29조의 2에 규정된 의료기기 등을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 당해 법인의 선택에 의하여 같은법 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금잔액을 사용한 것으로 보아 의료발전준비금의 적립을 통한 의료발전회계로서 구분경리 할 수 있는 것이며, 동 규정에 따라 고유목적사업준비금잔액을 사용한 것으로 하여 의료기기를 취득한 법인이 동 의료기기에 대하여 법인세법 제23조의 규정에 의한 감가상각비를 각 사업연도의 손금으로 계상한 경우에는 감가상각비상당액을 의료발전준비금의 환입액으로 하여 익금에 산입하는 것임.

라. 농업협동조합중앙회가 회원에게 무상 대여하는 금액

농업협동조합법에 의한 농업협동조합중앙회가 계상한 고유목적사업준비금을 회원에게 무상으로 대여하는 금액은 고유목적사업준비금의 지출로 봅니다. 

마. 상호금융예금자보호기금에 출연

농업협동조합법에 의한 농업협동조합중앙회가 농업협동조합의 구조개선에 관한법률에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액 또는 수산업협동조합법에 의한 수산업협동조합중앙회가 수산업협동조합법에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액은 고유목적사업준비금의 지출로 봅니다.

바. 고유목적사업용 고정자산의 취득

고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산취득에 지출한 비용은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 봅니다. 고유목적사업과 수익사업의 겸용자산을 취득한 경우에는 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 취득에 지출한 금액은 고유목적사업 등에 사용한 것으로 봅니다.

예를 들어,고유목적사업준비금을 손금산입한 비영리내국법인이 사옥을 취득하여 일부는 당해 법인의 고유목적사업에 직접사용하고 일부는 수익사업(임대사업)에 사용하는 경우 고유목적사업에 직접 사용하는 사옥의 취득에 지출한 금액은 같은 조 제2항의 규정에 의하여 고유목적사업 등에 사용한 것으로 보는 것이며, 이 경우 고유목적사업에 속하는 자산과 수익사업에 속하는 자산은 법인세법 제113조 규정에 의하여 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 합니다.

사. 고유목적사업의 차입금의 상환 및 이자지급

고유목적사업의 차입금상환과 이자지급은 고유목적사업준비금의 지출에 해당합니다. 그러나 수익사업 회계에 속하는 차입금의 상환은 고유목적사업준비금의 지출에 해당하지 않습니다.

(2) 지정기부금의 지출

지정기부금이라 함은 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지-문화-예술-교육-종교-자선-학술 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(법인세법시행령 제36조의 규정에 의한 지정기부금)을 말합니다. 또한 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 조세특례제한법 제73조 제1항 각호에 해당하는 기부금을 지출한 경우에는 당해 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 봅니다. 한편, 비영리내국법인이 조세특례제한법 제73조 제1항 각호에 해당하는 기부금을 지출하는 경우 법인세법 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금과 별도로 손금에 산입할 수 있는 것입니다. 비영리법인의 수익사업이 당해 법인내의 고유목적사업에 지출하는 것은 기부금의 지출이 아니고 고유목적사업준비금의 전출에 해당하는 것입니다. 여기에서의 지정기부금의 지출이라 함은 당해 비영리법인이 그 법인 외의 자에게 지출하는 지정기부금을 의미합니다.