비영리내국법인이 각 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액에 대해 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 세법에 의한 일정금액을 고유목적사업준비금으로 손금 계상한 경우에는 한도 내에서 법인의 손금으로 인정하는 것이다.

비영리법인의 경우 고유목적사업에 사용하기 위하여 수익사업을 영위하는 것이 일반적이기 때문에 수익사업에서 발생한 소득 전체에 대해 법인세를 부과하는 것이 아니라 발생 소득의 일정부분을 고유목적사업준비금으로 손금에 계상하는 것을 인정하여 세부담을 줄여주는 것이다.

고유목적사업준비금은 법인세법상의 규정에 의한 것으로서 법인세법의 규정에 의한 비영리법인에게만 적용한다. 따라서 등기된 비영리법인과 의제법인인 비영리법인의 경우에만 적용 가능한 것이다. 개인이 비영리사업을 하더라도 이는 법인세법에 의한 고유목적사업준비금전입을 통한 과세면제는 되지 않는다. 따라서 실무상 개인이 고유목적사업준비금전입의 지원을 받는 것은, 반드시 법인등록이 되어 있거나 단체를 결성하고 법인으로 의제신고서를 세무서에 제출함으로 인하여서만 가능하게 되는 것이다.