일반적으로 비영리법인은 고유목적사업과 관련된 주무관청의 허가,인가 등을 받아 설립등기과정을 거친다. 이 경우 당해 단체가 부가가치세법이나 법인세법상의 과세대상사업을 영위하는 경우에는 사업자등록까지 이루어져야하며 그러한 과세대상사업을 영위하지 아니하더라도 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 일반적으로 사업자등록번호에 준하는 고유번호를 세무서로부터 부여받게 된다.

1. 비영리법인설립허가

학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 법인(사단 또는 재단)의 설립허가를 받고자 하는 자는 재정경제부장관 또는 그 소속 하에 있는 청장에게 허가를 받아야 한다.  

2. 민법 제32조  

1) 비영리법인의 설립과 허가

학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.

공익법인의설립·운영에관한법률시행령 ( 제4조 )  

2) 설립허가신청

① 공익법인의 설립허가를 받고자 하는 자(이하 "설립발기인"이라 한다)는 법인설립허가신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 주무관청에 제출하여야 한다.

1. 설립발기인의 성명·주소·약력(설립발기인이 법인인 경우에는 그 명칭, 주된 사무소의 소재지, 대표자의 성명    주소·정관 및 최근의 사업활동)을 기재한 서류 1부

2. 설립취지서 1부

3. 정관 1부

4. 재단법인인 경우에는 출연재산의 종류·수량·금액 및 권리관계를 명확하게 기재한 재산목록(기본재산과 보통재산으로 구분하여 기재하여야 한다) 및 기부신청서 1부, 사단법인인 경우에는 회비징수예정명세서 또는 기부신청서 1부

5. 부동산·예금·유가증권등 주된 재산에 관한 등기소·금융기관등의 증명서 1부

6. 사업개시예정일 및 사업개시이후 2 사업연도분의 사업계획서 및 수지예산서 1부

7. 사단법인인 경우에는 창립총회회의록 및 사원이 될 자의 성명 및 주소를 기재한 사원명부(사원명부를 작성하기 곤란한 때에는 사원의 총수를 기재한 서류) 각 1부

② 공익법인의 사업이 2이상의 주무관청의 소관에 속하는 경우에는 그 주된 사업을 주관하는 주무관청에 법인설립허가를 신청하여야 한다

(3) 재정경제원장관 및 그 소속청장의 주관에 속하는 비영리법인의 설립허가 및 감독에 관한규칙(제3조) 

1) 설립허가의 신청

민법 제32조의 규정에 의하여 법인의 설립허가를 받고자 하는 자(이하 "설립발기인"이라 한다)는 별지 제1호 서식에 의한 법인설립허가신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 재정경제부장관 또는 그 소속하에 있는 청장(이하 "주무관청"이라 한다)에게 제출하여야 한다.

1. 설립발기인의 성명·주민등록번호·주소 및 약력을 기재한 서류(설립발기인이 법인     인 경우에는 그 명칭, 주된 사무소의 소재지, 대표자의 성명·주민등록번호,주소 와 정관을 기재한 서류) 1부

2. 정관 1부

3. 재산목록(재단법인에 있어서는 기본재산과 운영재산으로 구분하여 기재하여야  한다) 및 그 입증서류와 출연의 신청이 있는 경우에는 그 사실을 증명하는 서류 각 1부

4. 당해 사업연도분의 사업계획 및 수지예산을 기재한 서류 1부

5. 임원 취임예정자의 성명·주민등록번호·주소 및 약력을 기재한 서류와 취임승낙서  각 1부

6. 창립총회회의록(설립발기인이 법인인 경우에는 법인설립에 관한 의사의 결정을 증명하는 서류) 1부

 

법인설립허가신청서					처리기간
					20일
신청인	①성    명		②주민등록번호
	③주    소		④전화번호
법  인	⑤명    칭
	⑥소 재 지		⑦전화번호
	⑧대표자성명		⑨주민등록번호
	⑩주    소		⑪전화번호
민법 제32조의 규정에 의하여 위와 같이 법인설립을 신청 하오니 허가하여 주시기 바랍니다.
년      월      일
신청인         (서명 또는 인)
재정경제부(소속청장)귀하
※구비서류						수 수 료
						없  음
1. 설립발기인의 성명,주민등록번호,주소 및 약력을 기재한 서류(설립발기인이 법인인 경우에는    그 명칭, 주된 사무소의 소재지, 대표자의 성명,주민등록번호,주소와 정관을 기재한 서류) 1부 2. 정관 1부 3. 재산목록(재단법인에 있어서는 기본재산과 운영재산으로 구분하여 기재하여야 합니다) 및 그 입증서류와 출연의 신청이 있는 경우에는 그 사실을 증명하는 서류 각 1부 4. 당해 사업연도분의 사업계획 및 수지예산을 기재한 서류 1부 5. 임원 취임예정자의 성명,주민등록번호,주소 및 약력을 기재한 서류와 취임승낙서 각 1부 6. 창립총회회의록(설립발기인이 법인인 경우에는법인설립에 관한 의사의 결정을 증명하는 서류) 1부

                                                

2) 법인정관변경허가

정관변경의 허가를 받고자 하는 법인(사단,재단)은 주무관청의 허가를 받아야 합니다.

3) 법인해산신고

법인이 해산한 때(파산에 의한 해산의 경우 제외)에는 그 청산인은 민법 제85조 제1항의 규정에 의하여 해산 등기를 완료한 후 지체없이 주무관청에 신고해야 합니다.

[별지 제5호서식]  <신설 93.10.13>

4) 잔여재산처분허가

법인의 이사 또는 청산인이 민법 제80조제2항의 규정에 의하여 잔여재산의 처분에 대한 허가를 받고자 하는 때에는 그 처분사유, 처분하고자 하는 재산의 종류ㆍ수량ㆍ금액 및 처분방법을 기재한 잔여재산처분허가신청서를 주무관청에 제출하여야  합니다.

[별지 제6호 서식]

5) 청산종결신고

청산인이 법인의 청산이 종결된 때에는 3주간 내에 이를 등기한 후, 청산종결신고서에 등기부등본을 첨부하여 주무관청에 제출하여야 합니다.