1. 개요

1) 각 사업연도의 소득

비영리내국법인은 세법에서 열거한 일정수익사업에서 발생된 소득에 대하여만 법인세 납세의무를 지는바 당해 소득에 대한 과세표준 및 세액의 산정방법, 신고납부절차는 일반 영리법인과 일반적으로 동일하다.

2) 토지 등 양도소득

부동산 매각시 고정자산처분이익에 대하여는 각사업연도소득에 대한 법인세가 과세되며, 주택 등에 대하여는 토지 등 양도소득에 대한 법인세가 추가 과세된다. 또한 법인이 보유하고 있는 주택 이외에 2007.1.1. 이후 양도분부터는 법인의 비사업용토지에 대하여도 토지 등 양도소득에 대한 법인세가 과세된다.

<토지 등 양도소득의 법인세 계산>

토지 등 양도소득에 대한 법인세의 계산구조는 다음과 같다.

o 토지 등 양도소득＝양도가액－양도당시의 장부가액

o 토지 등 양도소득에 대한 법인세＝토지 등 양도소득×세율

① 양도가액

토지 등의 실제양도가액을 말한다. 다만, 장기할부조건으로 양도한 경우 법인의 회계처리방법에 대하여 다음과 같이 구분된다.

② 양도당시의 장부가액

양도당시의 장부가액은 세무상 장부가액을 말한다. 따라서 양도자산의 세무상 유보금액이 있는 경우에는 이를 반영하여야 한다.

③ 세율

토지 등 양도소득에 대한 법인세율은 다음과 같다. 이 경우 하나의 자산이 다음의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

‘미등기 토지 등’이라 함은 토지 등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 토지 등을 말한다. 다만, 다음의 경우에는 미등기토지 등에서 제외한다.

- 장기할부조건으로 취득한 토지 등으로서 그 계약조건에 의하여 양도당시 그 토지 등의 취득등기가 불가능한

   토지 등

- 법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도당시 취득에 관한 등기가 불가능한 경우

- 법인세법 제55조의2 제4항 제2호의 규정에 의한 농지(비과세대상인 농지를 말함) 

④ 양도차익과 양도차손의 통산

법인이 각 사업연도에 토지 등 양도소득에 대한 법인세의 규정을 적용받는 2 이상의 토지 등을 양도하는 경우에 있어서 토지 등 양도소득은 당해 사업연도에 양도한 자산별로 양도소득을 합산한 금액으로 한다. 이 경우 양도한 자산 중 양도당시의 장부가액이 양도금액을 초과하는 토지 등이 있는 경우에는 그 초과하는 금액(양도차손)을 차감하여 토지 등 양도소득을 계산한다.

2. 신고-납부의무

1) 신고기한

2) 법인세 과세표준 산정방법

장부를 비치-기장한 사업자의 소득금액은 다음과 같이 계산합니다.

         매    출 : 부가가치세 신고시 기재된 공급가액의 1년간의 합계액

   (-)  매    입 : 부가가치세 신고시 기재된 공급가액의 1년간의 합계액

   (-) 각종경비 : 위의 매입가액을 제외한 금액으로서 인건비, 식대, 접대비, 차량유지비, 비품구입비 등

   (=)  과세표준

3) 접대비 사용한도 (①+②)

① 기초금액 : 연 12,000,000원(중소기업 18,000,000원) × 사업연도월수 / 12개월

② 매출액 기준 : 매출액 × 0.2% (매출액 100억원 이하인 경우)

4) 법인세 산출세액의 계산

산출세액 = 법인세 과세표준 × 세율

* 법인세 세율

3. 비영리법인의 과세특례

기타 영리법인과의 차이점은 청산소득에 대한 법인세 납세의무가 없으며 그 외 다음과 같은 과세특례가 적용된다는 것이다. 

1) 고유목적사업준비금의 손금산입

비영리내국법인은 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음에 해당하는 금액의 합계액의 범위 안에서 각 사업연도 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다

① 소득세법상 이자소득금액(비영업대금이익 제외)

② 소득세법상 증권투자신탁수익의 분배금

③ 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의하여 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생하는 이자금액

④ (수익사업의 소득금액-위 ①,②,③의 금액-이월결손금-법정기부금 손금산입액)×50%

따라서, 수익사업을 영위하더라도 당해 규정에 의하여 법인세부담이 대폭 줄어드는 이점이 있으나 당해금액을 5년 내에 고유목적사업에 지출하여야 추후 당해 금액에 대한 과세문제가 발생하지 않음에 유의하여야 한다.

2) 이자소득에 대한 선택적 분리과세
비영리법인의 이자소득에 대하여는 다른 소득과 달리 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준에 포함하지 아니한 이자소득(이자소득 중 일부도 가능함)은 이자소득 수령 시 원천징수납부 한 것으로 신고의무가 종결된다. 즉, 종합과세인 신고납부방법과 분리과세인 원천징수방법 중 하나를 택할 수 있다.

－ 소득세법§16 ① 12호의 비영업대금의 이익에 대하여는 위의 규정을 적용할 수 없다.
－ 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 과세표준에 포함할 수
    없다. 즉, 이자소득만 있는 비영리법인은 시행규칙 별지 제56호 서식에 의하여 법인세 신고를 할 수 있다.
   (규칙§82 ②)
－ 이 경우 대차대조표, 손익계산서-이익잉여금처분계산서-세무조정계산서를 첨부하지 않는다.
 

【참고 : 예규-판례】

－ 비영리법인은 이자소득의 분리과세 원천징수방법을 매사업연도마다 선택적용 가능하며 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준 신고를 하지 않을 수 있음(서이46012-10574, 2002.03.21)그러나 실무적으로 과세표준을 신고하는 것이 유리하다. 왜냐하면, 고유목적사업준비금을 설정함으로써 원천징수 된 이자소득을 환급받거나 납부할 세액에서 공제받을 수 있기 때문이다.

3) 자산양도소득에 대한 과세특례

① 개요

사업소득이 없는 비영리내국법인이 다음 중 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득이 있는 경우에는 선택에 따라 각 사업연도 소득에 포함하여 법인세를 신고-납부하는 대신에 개인의 양도소득세를 준용하여 계산한 세액을 법인세로 신고-납부할 수 있다.

- 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함)

- 기타자산(주식 또는 출자지분에 한함)

- 주식(또는 출자지분)

   상장주식, 협회등록주식 중 장외양도분 또는 대주주 양도분, 비상장 비등록주식

이처럼 법인세의 과세표준 신고를 하지 않은 소득은 이를 각 사업연도의 소득에 포함하지 않으며, 소득세법상 탄력세율의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 때에는 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세특례의 규정을 적용하지 않는다.

② 제도의 취지

사업소득이 없는 비영리법인은 부동산 등 양도소득에 대하여 일반법인세를 납부하는 방법과 일반법인세 대신 양도소득세와 사실상 동일한 특례법인세를 납부하는 방법 중 한 가지를 자유롭게 선택할 수 있도록 한 것이다.

③ 납세절차

특례법인세의 신고-납부-결정-경정 및 징수에 관하여는 일반법인세의 과세표준의 신고-납부-결정-경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 일반법인세액에 합산하여 신고-납부-결정-경정 및 징수한다. 이 경우 일반법인세에 관한 무기장가산세, 과소신고가산세 및 납부불성실가산세의 규정도 준용한다.

다만, 이에 대하여는 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부도 하여야 하며, 이러한 예정신고를 한 경우에는 특례법인세의 과세표준 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법상 예정신고를 하였더라도 특례법인세의 과세표준 신고를 하여야 한다. 이 경우 예정신고납부세액은 일반법인세의 납부할 세액에서 이를 공제한다.

4) 당기순이익 과세특례

다음 어느 하나에 해당하는 법인의 각 사업연도소득에 대한 법인세는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지「법인세법」제13조 및 동법 제55조의 규정에 불구하고 당해 법인의 결산재무제표상 당기순이익(법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익을 말한다)에「법인세법」제24조의 규정에 의한 기부금(당해 법인의 수익사업과 관련된 것에 한한다)의 손금불산입액과 동법 제25조의 규정에 의한 접대비(당해 법인의 수익사업과 관련된 것에 한한다)의 손금불산입액을 합한 금액에 100분의 12의 세율을 적용하여 과세한다. 다만, 당해 법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 당기순이익과세를 포기한 때에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니한다. 

① 신용협동조합법에 의하여 설립된 신용협동조합 및 새마을금고법에 의하여 설립된 새마을금고

②「농업협동조합법」에 의하여 설립된 조합 및 조합공동사업법인

③ 수산업협동조합법에 의하여 설립된 조합(어촌계를 포함한다.)

④ 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 협동조합ㆍ사업협동조합 및협동조합연합회

⑤ 산림조합법에 의하여 설립된 산림조합(산림계를 포함한다)

⑥ 엽연초생산협동조합법에 의하여 설립된 엽연초생산협동조합

⑦ 소비자생활협동조합법에 의하여 설립된 소비자생활협동조합

위의 법인(당기순이익과세를 포기한 법인을 제외한다)은 복식부기에 의한 기장을 하지 아니할 수 있다.

☞ 2006.1.1. 이후 개시사업연도부터 조합공동사업법인도 조합법인에 포함됩니다.

－ 조특법 기본통칙 72-0…1 【결산재무제표상 당기순이익의 범위】
① 법 제72조 제1항에서 “결산재무제표상 당기순이익”이라 함은 법인세법시행령 제79조의 규정에 의한 기업회계기준 또는 관행에 의하여 작성한 결산재무제표상 법인세비용 차감전순이익을 말한다. 이 경우 당해 법인이 수익사업과 비수익사업을 구분 경리한 경우에는 각 사업의 당기순손익을 합산한 금액을 과세표준으로 한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 조합법인 등이 법인세추가납부세액을 영업외비용으로 계상한 경우 이를 결산재무제표 상 법인세비용차감전순이익에 가산한다.
③ 제1항의 규정에 의한 과세표준에는 법인세법 제3조 제2항 제5호 및 동법시행령 제2조 제2항의 규정에 의한 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하던 고정자산의 처분익을 포함한다.
④ 기업회계기준상 당기순손익을 과소 계상한 조합법인이 그 다음사업연도 결산 시 당해 과소계상상당액을 전기오류수정손익으로 이익잉여금처분계산서에 계상한 경우 법인세 과세표준계산은 국세기본법상 수정신고 또는 경정청구를 통해 과소 계상한 사업연도의 과세표준을 조정하여야 한다.

- 조세감면의 배제
조합법인 등에 대하여는 이처럼 낮은 세율을 적용하는 대신, 각사업연도의 소득에 대한 법인세에 관한 조세특례제한법상의 대부분의 조세혜택을 적용하지 않는다.

5) 정비사업조합에 대한 과세특례(조특법§104의7)
○ 2003.6.30.이전에 구 주택건설촉진법에 의하여 조합설립 인가를 받은 재건축조합으로서 도시 및 주거환경정비법의 시행에 따라 법인으로 등기한 정비사업조합(전환정비사업조합)에 대하여는 법인세법 제2조의 규정에 불구하고 정비사업조합과 그 조합원을 소득세법상 공동사업장 및 공동사업자로 보아 소득세법을 적용할 수 있다.
○ 2003.7.1.이후 설립된 정비사업조합(조특법 제104조의7 제1항 단서에 의해 법인세를 신고한 전환정비사업조합을 포함함)에 대하여 2008.12.31.까지는 비영리내국법인으로 보아 법인세법을 적용할 수 있다.

          － 정비사업조합이 도시 및 주거환경정비법에 의하여 당해 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원     에게 종전의 토지를 대신하여 건축물을 공급하는 사업은 법인세법 제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업     이 아닌 것으로 본다.

          －법인세법 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금은 설정할 수 없다.
－ 정비사업의 시행으로 조성된 토지 및 건축물의 소유권을 모두 이전한 후, 당해 정비사업조합에 대하여     체납처분을 집행해도 납부할 국세-가산금 또는 체납처분비를 징수할 수 없는 경우 잔여재산의 분배 또는     인도를 받은 자가 제2차 납세의무(분배 또는 인도받은 가액을 한도로 함)를 진다.

○ 적용시기
－ 2003.12.30.이 속하는 과세연도 분부터 적용한다.
－ 제2차 납세의무규정은 2004.1.1.이 속하는 과세연도부터 적용한다.

【참고 : 예규】

         － 2003.6.30. 이전 설립인가, 2003.7.1. 이후 변경인가를 받은 경우 : 2003.6.30. 이전에 조합설립인가를 받    았으나2003.7.1. 이후에 사업면적 및 조합원 확대로 조합변경인가를 받은 경우 공동사업자로 소득세법을    적용할 수 있음(서면1팀-262, 2006.02.27)

4. 법인세 신고시 필요서류

1) 사업소득이 있는 비영리법인

① 법인세과세표준 및 세액신고서

② 법인세과세표준 및 세액조정계산서

③ 원천납부세액명세서(갑),(을)

④ 소득금액조정합계표

⑤ 과목별 소득금액조정명세서

⑥ 소득구분계산서

⑦ 자본금과 적립금조정명세서(갑),(을)

⑧ 중소기업기준검토표

⑨ 비영리법인의 수익사업수입명세서

⑩ 고유목적사업준비금조정명세서

⑪ 기타 세무조정부속서류

2) 이자소득만 있는 비영리법인

① 법인세-농어촌특별세과세표준(조정계산) 및 세액신고서

② 원천납부세액명세서(갑),(을)

③ 고유목적사업준비금조정명세서

④ 소득금액조정합계표

⑤ 과목별소득금액조정명세서(1)(2)-미수수익 등 이자소득에 대한 세무조정필요시만 작성

⑥ 자본금과적립금조정명세서(갑),(을)-미수수익 등 이자소득에 대한 세무조정필요시만 작성

5. 관련사례

1) 비영리법인인 연구원이 대가관계없이 출연받은 출연금은 비영리법인의 수익사업소득에 해당되지 아니하는 것임(서이46012-10360,2003.2.19.)

비영리법인에 해당하는 재단법인 한국○○시험연구원이 산업기술기반조성에 관한 법률 제5조 제2항의 규정에 의하여 산업자원부장관과 유해성시험평가지원센터 기술기반조성사업에 대한 협약을 맺고 동법 동조 제3항의 규정에 의하여 동 기술기반조성사업을 실시하는데 소요되는 비용을 용역제공 등에 대한 대가관계 없이 출연 받는 경우 동 출연금은 당해 비영리법인의 수익사업소득에 해당되지 아니하는 것임.

2) 비영리법인이 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률의 규정에 의거 고정자산을 취득하기 위해 정부로부터 지급받는 보조금은 수익사업소득이 아님(법인46012-1976, 1998.7.16.)

비영리법인이 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률의 규정에 의거 고정자산을 취득하기 위해 정부로부터 지급받는 보조금은 법인세법 제1조 제1항 단서규정의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당하지 아니하는 것이며, 이 경우 비영리법인이 보조금으로 취득한 고정자산을 법인세법시행규칙 제1조 제2항의 규정에 따라 수익사업에 전입하고 그 자산가액을 자본의 원입으로 경리한 경우에는 당해 고정자산에 대하여 같은법 시행령 제48조 제1항의 규정에 의해 계산한 감가상각비를 손금에 산입하는 것임.

3) 의료법인이 무상으로 기부 받은 토지는 수익사업소득이 아님(서이46012-10558, 2002.03.20)

【질의】

본인이 근무하고 있는 병원은 비영리의료법인이며, 당 병원과 경계한 임야(약 6,000평, 토지이용계획 확인원상 자연녹지, 근린공원시설로 되어 있음)를 당 법인의 이사 개인이 개인명의로 보유하여 오던 중 금번 법인의 발전을 위해 상기 토지를 기부하겠다는 의사를 전해왔으며, 당 병원에서는 상기 토지를 입원환자들의 산책 및 휴식공간으로 이용할 계획인바,

① 상기 토지를 무상으로 출연(기부)받았을 경우 당 의료법인에 대한 출연금으로 보아

차) 토지 ×××    대) 출연금 ×××

으로 처리하여 회계상 손익과는 관계없이 자본의 원입으로 보아야 하는지 여부와

아니면 비영리의료법인이라도 수익사업 회계이므로

차) 토지 ×××    대) 자산수증이익 ×××

으로 하여 영리법인과 마찬가지로 토지가액만큼 법인소득으로 보아 법인세를 납부해야 하는지 여부

② 만일 이와 같이 토지(임야)를 출연(기부)받았을 경우, 지적법상 임야이고, 공원용지로 되어 있어 건축물을 세울 수 없으며, 단지 환자들의 휴식공간으로 이용할 경우 출연(기부)받은 자산도 비업무용부동산에 해당되어 관련부동산적수만큼 지급이자 손금불산입 문제가 발생되는지 여부

【회신】

① 귀 질의 1의 경우 우리청의 질의회신사례 재무부법인22631-46(1992.2.21.)을 참고하기 바람.

② 질의 2의 경우 당해 부동산이 법인세법시행규칙 제26조 제2항 각호의 규정에 의한 당해 법인의 업무에 사용하는 때에는 법인세법 제27조 제1호의 규정을 적용하지 아니하는 것임.

참고예규: 재무부법인22631-46(1992.2.21.)

법인세과세대상이 아님.

의료법인이 비록 법인세법상 비영리법인이지만 그 고유목적사업인 의료업은 수익사업에 해당하나 그 의료업인 목적사업에 사용을 위하여 기부 받은 자산에 대하여 수익사업에 대한 자순수증익으로 보지 아니하고 비수익사업에 대한 기부로 보는 해석임.

4) 국립대학교병원이 타인으로부터 출연 받은 기부금은 수익사업소득이 아님(법인46012-58,1997.01.09)

국립대학교병원설치법에 의하여 설립된 대학교병원이 정관에 기재된 내용에 따라 병원기금조성과 대학병원의 사업을 지원하기 위하여 개인 또는 법인단체 등으로부터 출연 받은 기부금은 법인세법 제1조 제1항 및 동법시행령 제2조 제1항에서 규정하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당하지 아니하므로 각사업연도소득에 대한 법인세가 과세되지 아니하는 것임

6. 법인세법 해석편람

[3-1-2 비영리법인의 교육수강료 수입은 수익사업에 해당함]

비영리 내국법인이 교육훈련 등을 실시하고 받는 수강료 수입은 법인세법 제3조 제2항 및 같은법 시행령 제2조 제1항의 규정에 의한 수익사업에 해당한다.(서이46012-11084, 2003.6.2.)

[3-1-4 비영리법인이 교육훈련을 실시한 대가로 교육비의 일부를 정부출연금으로부터 교부받는 경우 수익사업에 해당함]

발전분야 전문인력 양성을 목적으로 설립된 비영리법인이 정부에서 주관하는 "전력사업 현장인력 양성"사업에 참여하여 협약내용에 따라 정부위탁 교육생에 대한 교육훈련을 실시하고 용역제공의 대가로 교육비의 일부를 정부출연금인 전력산업기반기금으로부터 교부받는 경우 당해 정부 출연금은 교육훈련에 따른 수수료 수입으로서 법인세법 제3조 제2항 및 같은법 시행령 제2조 제1항의 규정에 의한 수익사업에 해당한다.(서이46012-11018, 2003.5.21.)

[76-4-7 비영리법인의 지출증빙서류 수취방법]

수익사업과 비수익사업을 겸영하는 비영리법인이 수익사업과 관련하여 사업자로부터 재화나 용역을 공급받은 경우에 법인세법시행령(2000. 12. 29 대통령령 제17033호로 개정된 것) 제158조 제2항 각호에 규정된 거래 외에는 같은법 제116조 제2항 각호의 지출증빙서류를 수취하여야 하는 것으로 이를 수취하지 아니한 경우에는 같은법 제76조 제5항의 규정에 의한 가산세를 납부하여야 하는 것이나, 비수익사업의 운영과 관련하여 사업자로부터 재화나 용역을 공급받은 경우에는 그러하지 아니하다. (법인46012-269, 2001. 2. 1)

[112-1-2 이자소득만 있는 비영리법인은 장부비치ㆍ기장의무가 없음]

이자소득만 있는 비영리법인은 법인세법 제62조(법인세법 제112조) 단서의 규정에 의거 복식부기에 의한 장부비치ㆍ기장의무가 없으며, 당해 비영리법인이 이자소득에 대하여 고유목적사업준비금을 계상하여 법인세과세표준을 신고하고자 하는 경우에는 대차대조표 및 손익계산서를 첨부하지 아니하고 같은법 시행규칙 제45조 제8항 및 제10항(규칙 제82조 제2항)에 규정하는 서류만 첨부하여 신고할 수 있다.(법인46012-528, 1997.2.20.)

[116-1-3 비영리법인의 수익사업 관련 증빙서류 수취의무]

법인세법시행령 제158조 제1항 제1호 가목의 규정에 의하여 비영리법인으로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 법인세법 제116조 제2항 각호의 1에 해당하는 증빙서류를 수취하지 아니할 수 있는 것이나, 같은법시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업과 관련된 부분에 대하여는 그러하지 아니한다.(서이46012-10661, 2003.3.31.)

[121-1-12 비영리법인이 받는 회비는 계산서 교부대상 아님]

법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 공급받는 자에게 계산서를 작성ㆍ교부하여야 하는 것이나 비영리내국법인이 고유목적사업에 사용하기 위하여 당해 법인의 회원으로부터 재화 또는 용역의 공급대가에 해당되지 아니하는 회비를 수령하는 경우에는 계산서를 작성ㆍ교부하지 아니한다.(법인 46012-1095, 1999. 3. 25)