1. 개요

부가가치세의 납세의무자는 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화,용역을 공급하는 자이다. 이러한 납세의무자에는 개인,법인(국가,지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)과 법인격 없는 사단,재단기타 단체를 포함한다.

따라서 비영리법인이라고 하더라도 부가가치세법에서 정하는 재화,용역을 사업상 독립적으로 공급하게 되면 부가가치세 납세의무자가 되는 것이며, 법인세법상 수익사업에서 제외되는 사업이라고 할지라도 부가가치세는 과세될 수 있는 것이다.

여기서 ‘사업상’이란 재화,용역을 계속적,반복적으로 공급함을 의미한다 할 것이므로 일시적으로 공급하는 것에 대하여는 납세의무가 없다할 것이다. 물론, 일시적인지의 여부는 사실관계를 따져 판단하여야 할 것이다. 

기타 부가가치세의 과세표준과 세율의 적용 및 신고납부절차는 일반영리법인과 동일하다.

2. 면세사업자

1) 부가가치세법상 면세사업자

우리나라 세법에서는 국민의 복지, 후생, 공익, 문화활성 기타 조세정책적인 목적으로 일정한 재화 및 용역을 공급하는 사업자에 대하여는 부가가치세를 면제하여 주고 있는바 이러한 면세사업자는 부가가치세법상의 사업자가 아니므로 부가가치세 납세의무가 발생되지 않는다.

이와 관련하여 비영리법인이 고유목적사업만 영위한다면 일반적으로 부가가치세 납세의무는 발생하지 않는다. 왜냐하면 부가가치세법에서는 이러한 부가가치세 면세대상을 열거하고 있는바 그 중 아래에서 열거하는 종교,자선,학술,구호,사회복지 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화,용역에 대하여 이러한 면세를 적용하고 있기 때문이다.

주의할 점은 이러한 면세대상 사업을 영위하는 비영리법인이라고 하더라도 과세대상사업을 추가로 영위한다면 부가가치세 납세의무가 발생하므로 부가가치세법상의 제반의무를 준수하여야 하며, 면세대상사업만 영위하더라도 법인세법상 수익사업을 영위한다면 별도로 법인세법상의 제반의무를 이행하여야 한다는 것이다.

① 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법시행령 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 비영리법인의 사업으로서 종교,자선,학술,구호,사회복지,교육,문화,예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역

여기서 상속세 및 증여세법시행령 제12조에 해당하는 "공익법인 등"이라 함은 다음 각호에 해당하는 사업을 영위하는 자를 말한다.

- 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

- 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 설립·경영하는 사업

- 사회복지사업법에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업

- 의료법 또는 정신보건법의 규정에 의한 의료법인 또는 정신의료법인이 운영하는 사업

- 공익법인의 설립·운영에 관한법률의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업

- 예술 및 문화에 현저히 기여하는 사업 중 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업으로서 관계행정기관의 장의 추천을 받아 재정경제부장관이 지정하는 사업

- 공중위생 및 환경보호에 현저히 기여하는 사업으로서 영리를 목적으로 하지 아니 하는 사업

- 공원 기타 공중이 무료로 이용하는 시설을 운영하는 사업

- 법인세법시행령 제36조 제1항 제1호 각목의 규정에 의한 지정기부금단체 등 및 소득세법 시행령 제80조 제1항 제5호에 따른 기부금대상민간단체가 운영하는 고    유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다.

- 제1호 내지 제5호·제7호 또는 제8호와 유사한 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업

②문화재보호법의 규정에 의한 지정문화재를 소유 또는 관리하고 있는 종교단체의 경내지 및 경내지 내의 건물과 공작물의 임대용역

③공익을 목적으로 재정경제부령이 정하는 기숙사를 운영하는 자가 다음 각호의 학생 또는 근로자를 위하여 실비 무상으로 공급하는 음식 및 숙박용역

- 교육인적자원부장관 또는 교육인적자원부장관이 지정하는 자의 추천을 받은 자로서 학생을 위하여 기숙사를 운영하는 자

- 노동부장관 또는 노동부장관이 지정하는 자의 추천을 받은 자로서 근로자를 위하여 기숙사를 운영하는 자

④저작권법 제78조의 규정에 의하여 문화관광부장관의 허가를 받아 설립된 저작권위탁관리업자로서 재정경제부령이 정하는 다음의 사업자가 저작권자를 위하여 실비 또는 무상으로 공급하는 신탁관리용역

- 사단법인 한국음악저작권협회

- 사단법인 한국문예학굴저작권협회

- 사단법인 한국방송작가협회

- 사단법인 한국예술실연자단체연합회

- 사단법인 한국음원제작자협회

- 사단법인 한국복사전송권관리센터

- 사단법인 한국시나리오작가협회

- 사단법인 한국방송실연자협회

2) 조세특례제한법상 면세사업자

① 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

-「별정우체국법」에 의한 별정우체국

-「체신창구업무의 위탁에 관한 법률」에 의하여 체신창구업무를 위탁받은 자

-「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사 

-「농업협동조합법」에 의한 조합, 조합공동사업법인 및 중앙회

-「수산업협동조합법」에 의한 수산업협동조합ㆍ중앙회 및 어촌계

-「엽연초생산협동조합법」에 의한 엽연초생산협동조합 및 중앙회

-「인삼산업법」에 의한 백삼 및 태극삼의 지정검사기관 

-「대한주택공사법」에 의한 대한주택공사

-「한국도로공사법」에 의한 한국도로공사

-「한국산업인력공단법」에 의한 한국산업인력공단

-「한국국제협력단법」에 의한 한국국제협력단

-「한국조폐공사법」에 의한 한국조폐공사

-「산림조합법」에 의한 조합ㆍ중앙회 및 산림계

-「공무원연금법」에 의한 공무원연금관리공단

-「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」에 의하여 농수산물도매시장의 개설자로부터 지정을 받은 도매시장법인 또는 시장도매인

-「지방공기업법」에 의하여 농수산물도매시장사업을 수행하기 위하여 지방자치단체가 설립한 지방공사

- 지방공기업법」제76조의 규정에 의하여 설립된 지방공단

-「농수산물유통공사법」에 의한 농수산물유통공사

-「한국해운조합법」에 의한 한국해운조합

-「자연공원법」에 의한 국립공원관리공단

-「선박안전법」제7조의 규정에 의한 선박검사기술협회

-「전파법」에 의한 무선국관리사업단

-「한국산업안전공단법」에 의한 한국산업안전공단

-「집행관법」에 의하여 집행관의 업무를 수행하는 자

-「공증인법」에 의한 공증인의 업무를 수행하는 자

-「상공회의소법」에 의한 대한상공회의소

-「한국수자원공사법」에 의한 한국수자원공사

-「한국토지공사법」에 의한 한국토지공사

-「항만공사법」제4조 제2항의 규정에 의하여 설립된 항만공사

-「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 제10호의 규정에 의한 공공부문 중 도로의 건설이나 운영에 대한 전문성을 보유한 법인과 장기적 투자자금을 제공     하는 재무적 투자자가 각각 100분의 40 이상을 공동으로 출자하여 설립된 동조 제7호의 사업시행자

-「중소기업협동조합법」에 따른 중소기업중앙회

② 한국철도시설공단법에 의한 한국철도시설공단이 철도산업발전기본법 제3조 제2호의 규정에 의한 철도시설(이하 이 호에서 "철도시설"이라 한다)을 국가에 귀속시키고 동법 제26조의 규정에 의하여 철도시설관리권을 설정받는 방식으로 국가에 공급하는 철도시설

③ 교육인적자원부장관 또는 교육인적자원부장관이 지정하는 자의 추천을 받은 자가「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제1호의 방식을 준용하여 건설된 학교시설(「고등교육법」제2조의 규정에 의한 학교시설에 한한다)을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역(2007년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 분에 한하여 이를 적용한다.)

3. 과세사업자

비영리법인이라고 하더라도 부가가치세법에서 정하는 재화,용역을 사업상 독립적으로 공급하게 되면 부가가치세 납세의무자가 되는 것이며, 법인세법상 수익사업에서 제외되는 사업이라고 할지라도 부가가치세는 과세될 수 있는 것이다. 여기서 ‘사업상’이란 재화,용역을 계속적,반복적으로 공급함을 의미한다.