1. 개요

1) 각 사업연도의 소득

비영리내국법인은 세법에서 열거한 일정수익사업에서 발생된 소득에 대하여만 법인세 납세의무를 지는바 당해 소득에 대한 과세표준 및 세액의 산정방법, 신고납부절차는 일반 영리법인과 일반적으로 동일하다.

2) 토지 등 양도소득

부동산 매각시 고정자산처분이익에 대하여는 각사업연도소득에 대한 법인세가 과세되며, 주택 등에 대하여는 토지 등 양도소득에 대한 법인세가 추가 과세된다. 또한 법인이 보유하고 있는 주택 이외에 2007.1.1. 이후 양도분부터는 법인의 비사업용토지에 대하여도 토지 등 양도소득에 대한 법인세가 과세된다.

<토지 등 양도소득의 법인세 계산> ; 토지 등 양도소득에 대한 법인세의 계산구조는 다음과 같다.

o 토지 등 양도소득＝양도가액－양도당시의 장부가액

o 토지 등 양도소득에 대한 법인세＝토지 등 양도소득×세율

① 양도가액

토지 등의 실제양도가액을 말한다. 다만, 장기할부조건으로 양도한 경우 법인의 회계처리방법에 대하여 다음과 같이 구분된다.

② 양도당시의 장부가액

양도당시의 장부가액은 세무상 장부가액을 말한다. 따라서 양도자산의 세무상 유보금액이 있는 경우에는 이를 반영하여야 한다.

③ 세율

토지 등 양도소득에 대한 법인세율은 다음과 같다. 이 경우 하나의 자산이 다음의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

‘미등기 토지 등’이라 함은 토지 등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 토지 등을 말한다. 다만, 다음의 경우에는 미등기토지 등에서 제외한다.

- 장기할부조건으로 취득한 토지 등으로서 그 계약조건에 의하여 양도당시 그 토지 등의 취득등기가 불가능한
  토지 등

- 법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도당시 취득에 관한 등기가 불가능한 경우

- 법인세법 제55조의2 제4항 제2호의 규정에 의한 농지(비과세대상인 농지를 말함) 

④ 양도차익과 양도차손의 통산

법인이 각 사업연도에 토지 등 양도소득에 대한 법인세의 규정을 적용받는 2 이상의 토지 등을 양도하는 경우에 있어서 토지 등 양도소득은 당해 사업연도에 양도한 자산별로 양도소득을 합산한 금액으로 한다. 이 경우 양도한 자산 중 양도당시의 장부가액이 양도금액을 초과하는 토지 등이 있는 경우에는 그 초과하는 금액(양도차손)을 차감하여 토지 등 양도소득을 계산한다.

2. 비영리법인의 과세특례

기타 영리법인과의 차이점은 청산소득에 대한 법인세 납세의무가 없으며 그 외 다음과 같은 과세특례가 적용된다는 것이다. 

1) 고유목적사업준비금의 손금산입

비영리내국법인은 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음에 해당하는 금액의 합계액의 범위 안에서 각 사업연도 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다

① 소득세법상 이자소득금액(비영업대금이익 제외)

② 소득세법상 증권투자신탁수익의 분배금

③ 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의하여 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생하는 이자금액

④ (수익사업의 소득금액-위 ①,②,③의 금액-이월결손금-법정기부금 손금산입액)×50%

따라서, 수익사업을 영위하더라도 당해 규정에 의하여 법인세부담이 대폭 줄어드는 이점이 있으나 당해금액을 5년 내에 고유목적사업에 지출하여야 추후 당해 금액에 대한 과세문제가 발생하지 않음에 유의하여야 한다.

2) 이자소득에 대한 선택적 분리과세
비영리법인의 이자소득에 대하여는 다른 소득과 달리 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준에 포함하지 아니한 이자소득(이자소득 중 일부도 가능함)은 이자소득 수령 시 원천징수납부 한 것으로 신고의무가 종결된다. 즉, 종합과세인 신고납부방법과 분리과세인 원천징수방법 중 하나를 택할 수 있다.

－ 소득세법§16 ① 12호의 비영업대금의 이익에 대하여는 위의 규정을 적용할 수 없다.
－ 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 과세표준에 포함할
    수 없다. 즉, 이자소득만 있는 비영리법인은 시행규칙 별지 제56호 서식에 의하여 법인세 신고를 할 수
    있다.(규칙§82 ②)

－ 이 경우 대차대조표, 손익계산서?이익잉여금처분계산서?세무조정계산서를 첨부하지 않는다.
 

【참고 : 예규, 판례】

비영리법인은 이자소득의 분리과세 원천징수방법을 매사업연도마다 선택적용 가능하며 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준 신고를 하지 않을 수 있음(서이46012-10574, 2002.03.21)그러나 실무적으로 과세표준을 신고하는 것이 유리하다. 왜냐하면, 고유목적사업준비금을 설정함으로써 원천징수 된 이자소득을 환급받거나 납부할 세액에서 공제받을 수 있기 때문이다.

3) 자산양도소득에 대한 과세특례

① 개요

사업소득이 없는 비영리내국법인이 다음 중 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득이 있는 경우에는 선택에 따라 각 사업연도 소득에 포함하여 법인세를 신고, 납부하는 대신에 개인의 양도소득세를 준용하여 계산한 세액을 법인세로 신고, 납부할 수 있다.

- 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함)

- 기타자산(주식 또는 출자지분에 한함)

- 주식(또는 출자지분)

   상장주식, 협회등록주식 중 장외 양도분 또는 대주주 양도분, 비상장 비등록주식

이처럼 법인세의 과세표준 신고를 하지 않은 소득은 이를 각 사업연도의 소득에 포함하지 않으며, 소득세법상 탄력세율의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 때에는 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세특례의 규정을 적용하지 않는다.

② 제도의 취지

사업소득이 없는 비영리법인은 부동산 등 양도소득에 대하여 일반법인세를 납부하는 방법과 일반법인세 대신 양도소득세와 사실상 동일한 특례법인세를 납부하는 방법 중 한 가지를 자유롭게 선택할 수 있도록 한 것이다.

③ 납세절차

특례법인세의 신고, 납부, 결정, 경정 및 징수에 관하여는 일반법인세의 과세표준의 신고, 납부, 결정, 경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 일반법인세액에 합산하여 신고, 납부, 결정, 경정 및 징수한다. 이 경우 일반법인세에 관한 무기장가산세, 과소신고가산세 및 납부불성실가산세의 규정도 준용한다. 다만, 이에 대하여는 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부도 하여야 하며, 이러한 예정신고를 한 경우에는 특례법인세의 과세표준 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법상 예정신고를 하였더라도 특례법인세의 과세표준 신고를 하여야 한다. 이 경우 예정신고납부세액은 일반법인세의 납부할 세액에서 이를 공제한다.

3. 법인세 신고시 필요서류

1) 사업소득이 있는 비영리법인

자세한 사항은 ‘수익사업 비영리법인란’을 참고하세요.

2) 이자소득만 있는 비영리법인

① 법인세?농어촌특별세과세표준(조정계산) 및 세액신고서

② 원천납부세액명세서(갑),(을)

③ 고유목적사업준비금조정명세서

④ 소득금액조정합계표

⑤ 과목별소득금액조정명세서(1)(2)-미수수익 등 이자소득에 대한 세무조정필요시만 작성

⑥ 자본금과적립금조정명세서(갑),(을)-미수수익 등 이자소득에 대한 세무조정필요시만 작성