구분경리의 효과를 다음과 같이 예시적으로 설명하여 보고자 한다.

예시) 대학교부설병원의 경우를 예시하면,

1차로는 학교사업과 병원사업의 회계를 구분하고, 2차로는 학교회계 중 수익사업회계와 비영리사업회계를 구분하며 병원회계중 수익사업회계와 비영리사업회계를 다시 구분하여야 하고, 3차로 각각의 수익사업회계 중 감면대상사업이 있는 경우에는 그 감면대상사업을 다시 구분하여 경리하여야 한다.

1. 주무관청

편의상 3단계로 구분한 위의 각 구분경리를 이행하지 아니하는 경우에 비영리법인에 미치는 영향이 무엇인지를 살펴보면, 1차의 구분경리를 이행하지 아니한 경우에는 그 비영리법인의 의결기관이나 감독기관 또는 근거법규에 의하여 제재가 있을 수 있다.

2. 세법

2차의 구분경리는 법인세법에 의하여 정하여진 규정이다. 이를 이행하지 아니한다고 하여 별도의 불이행에 대한 가산세의 규제 등이 있지 아니하고 다만 수익사업에 대한 법인세의 납세의무를 이행하였는지에 대하여만 문제시하는 상황이므로 이 2차의 구분경리는 실무상 이루어지지 아니하고 있는 경우가 많고 다만 결산시에 재무제표를 작성할 때 합계잔액시산표자료를 양 회계로 분리하여 처리하는 실정이다. 이 경우 수익사업에 대한 구분경리가 제대로 이루어지지 않을 경우 법인세납부 대상이 되는 수익사업의 과세표준 산출근거가 객관적으로 증명되지 못해서 추후에 소득금액 누락 등이 발견될 경우 세법에 의한 가산세를 적용받을 수 있다.

비영리사업의 자료에 대하여는 법인세법이 정하는 사항이 아니고, 상속세법의 규정에 의하여 공익법인 등(반드시 법인세법상의 비영리법인과 일치하지 아니함)이 재산을 출연 받은 경우에는 그 출연 받은 재산의 사용에 대한 계획 및 진도에 관한 보고서 즉 출연자산명세의 보고를 당해 사업연도 종료일부터 3월 이내에 납세지관할 세무서장에게 하도록 하고 있고(동법 제48조 제5항,동령 제41조),이를 이행하지 아니하는 경우에도 상속세나 증여세를 부과하는 것은 아니고 미제출분 또는 과세제출분에 대한 상속, 증여세상당액의 1/100에 상당하는 금액을 가산세로 징수하도록 하고 있는 바, 이 경우의 보고서식도 동법 시행령 별지 제23호∼25서식(부표3)서식에 의하는 것이므로 별도의 비영리사업관련 재무제표를 반드시 제출하여야 하는 것이 아니다.

3차의 구분경리 즉 감면대상사업의 구분경리는 비영리법인뿐 아니라 오히려 영리법인이 더 많이 적용되는 구분경리규정인 바, 실상은 영리법인의 경우에도 경리를 구분하여 한다기 보다는 법인세법 시행령 별지 제48호 서식인 소득구분계산서의 작성에 의하여 감면대상사업의 소득금액이나 과세표준을 계산하는 것으로 그치는 것이 일반적이다.

비영리법인인 학교법인이 예를 들어 복수의 수익사업을 영위하고 있으며 그 중 중소제조업을 영위하고 있는 경우라면 그 중소제조업에 대한 특별세액감면을 조세특례제한법 제7조의 규정에 의하여 적용받기 위하여는 다른 수익사업과 구분하여 경리를 하는 것이 원칙이다.