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쟁정건물을 문화재 경내지 안의 건물로 보아 그 임대수입을 비영리법인의 비수익사업 해당 여부
2007-09-07 없음 1882
(1) 쟁정건물을 문화재(○○○성당) 경내지 안의 건물로 보아 그 임대수입을 부가가치세 면세대상인 비영리법인의 비수익사업으로 볼 수 있는지 여부 (인용)
(2) 동 임대용역을 비수익사업으로 본다 하더라도 비영리법인의 비수익사업에서 발생한 지연회수금이 특수관계자간의 실질적인 자금지원에 해당된다면 그 지연회수금의 인정이자 상당액을 이자소득(이자소득에 해당되는 경우 동 이자소득은 수익사업에 해당)으로 보아 익금에 산입할 수 있는지 여부 (인용)

청구번호 2006구3652 결정일자 2007년09월05일 주세목 법인세

심판청구번호 국심 2006구3652(2007. 9. 5.)


주 문


○○○세무서장이 2006.8.3. 청구법인에게 한 법인세 2001사업연도 367,125,840원, 2003사업연도 348,840,580원, 2004사업연도 86,172,680원 및 2005사업연도 62,936,270원, 합계 865,075,370원의 부과처분은 이를 취소한다.


이 유


1. 처분개요


청구법인은 1980.7.1. 설립되어 ○○○의 재산을 총괄 관리하고 산하 수익사업체를 관리감독하는 재단법인으로서, 산하 수익사업체로는 ○○○ 등 의료업과 부동산임대업을 영위하고 있는 바, 처분청은 2006.6.7.~2006.6.27. 청구법인의 2003사업연도에 대한 법인세 통합조사를 하여 청구법인이 ○○○외 3필지 지하 2층, 지상 11층 근린생활시설(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 특수관계자인 주식회사 ○○○에 임대하면서 수령하는 임대료(이하 \"쟁점임대료\"라 한다) 중 장기간 회수하지 아니한 임대료(이하 “장기미수임대료”라 한다)와 장기간 지연회수한 임대료(이하 “장기지연회수임대료”라 한다)에 대해 이를 특수관계자에 대한 실질적인 자금지원으로 보아 법인세법 제52조 규정에 의한 부당행위계산부인 규정의 대상으로 보고, 같은 법 제28조 규정에 의한 지급이자 손금불산입대상이 되는 것으로 보아 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입하여 2006.8.3. 청구법인에게 2001,~2005사업연도 법인세 865,075,370원(2001사업연도 : 367,125,840원, 2003사업연도 : 348,840,580원, 2004사업연도 : 86,172,680원, 2005사업연도 : 62,936,270원)을 경정고지하였다.


청구법인은 이에 불복하여 2006.12.27. 이 건 심판청구를 제기하였다.



2. 청구법인 주장 및 처분청 의견


가. 청구법인 주장


청구법인은 주무관청에 등록된 종교단체이며 상속세법 12조 제1호 규정에 의한 공익법인으로 법인세법 제3조 제2항에 해당하는 비영리법인에 해당하여 “쟁점용역수입금액”은 청구법인의 “수익사업”의 범위에 해당되지 않는 수입금액이고 쟁점건물은 종교단체의 문화재 경내지 안에 있으며 ○○○의 경내지 건물로서 처분청으로부터 1981.10.10. 쟁점건물 임대사업에 대한 면세법인으로 사업자등록증을 교부받았고 이후 일관되게 부가가치세 면세를 받아 왔음에도, 처분청이 “쟁점용역수입금액”에 포함되어 있는 특수관계자인 주식회사 ○○○에 대한 장기 미회수채권(장기체납 임대료)을 대여금으로 보아 법인세법 제52의 규정에 의한 부당행위계산부인 규정을 적용하고 인정이자를 계산하여 각사업연도 소득금액에 익금가산하고, 이에 따른 지급이자를 손금불산입하여 법인세과세표준을 경정결정하는 것은 부당하다.


나. 처분청 의견


(1) 쟁점건물은 ○○○이 아님은 명백하고, ○○○의 문화재와는 아무런 관련이 없는 단순히 수익을 창출하기 위한 건물일 따름이며 경내지라 함은 종교활동과 밀접한 관련을 갖고 종교활동과 종교시설(문화재)의 보호 유지 등에 필수적인 경우에 경내지 안의 건축물로 인정받을 수 있는 바, 쟁점건물과 문화재 지역은 담장으로서 엄격히 구분되고 있고, 문화재인 ○○○을 압박하고 주변 분위기를 흐리게 하며 문화재의 가치를 감소시키는 건축물로서 오히려 철거되어야 할 건물이다. 현재 ○○○과 그 인접 토지가 수만평인데 그 토지 위에 지금 당장에 어떠한 시설(부동산 임대용 건물)이 신축되어 임대가 될 경우에는 ○○○의 경내지가 되어 부가가치세와 법인세가 면세 및 과세소득에서 제외될 것이다. 따라서 쟁점빌딩의 임대용역은 수익사업임이 분명하여 부가가치세도 과세되어야 하고, 비영리법인의 수익금액으로서 법인세법 제3조에서 규정하는 과세소득을 구성하는 것으로 보아야 한다.


(2) 청구법인은 비영리법인의 수익사업에 속하지 않는 거래행위에 대해서 그 적정성 여부에 불구하고 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다고 주장하나, 청구법인이 주장하는 비수익사업(임대료)은 사업소득의 범주에 속하지만 법인세법에서 정한 인정이자는 사업소득의 임대료가 아닌 이자소득에 해당하는 것으로서 청구법인은 소득구분에 있어 그 오류를 범하고 있다. 따라서 ○○○의 임대용역 수입금액은 부가가치세가 면세되는 경내지가 아님이 분명하므로 법인세법에 의한 비영리법인의 과세소득으로 보아야 하고, 설사 비수익사업으로 본다 하더라도 인정이자는 이자소득에 해당하므로 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 과세한 당초처분은 정당하다.



3. 심리 및 판단


가. 쟁점


(1) 쟁점건물의 임대수입을 문화재인 ○○○ 경내지 안의 건물로 보고 비영리법인의 비수익사업으로 보아 부당행위계산부인 규정의 적용대상에서 제외할 수 있는지 여부


(2) 위 임대수입을 비수익사업으로 보는 경우에도 인정이자는 이자소득에 해당하는 것으로 보아 부당행위부인 규정을 적용할 수 있는지 여부


나. 관련법령


< 쟁점(1)관련 >


(1) 법인세법 제3조【과세소득의 범위】


① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (1998. 12. 28 개정)

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도소매 및 소비자용품수리업, 부동산임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

2. 소득세법 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자할인액 및 이익


(2) 법인세법시행령 제2조 【수익사업의 범위】


① 「법인세법」(이하 “법”이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 \"한국표준산업분류\" 라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다. (2005. 2. 19. 개정)

7. 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역 중 「부가가치세법」 제12조 제1항 제16호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업 (2005. 2. 19. 개정)


(3) 부가가치세법 제12조【면 세】


① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

16. 종교 자선 학술 구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것


(4) 부가가치세법시행령 제37조【종교 자선 학술 구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위】


법 제12조 제1항 제16호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다. (2000. 12. 29 개정)

2. 문화재보호법의 규정에 의한 지정문화재(지방문화재를 포함하며, 무형문화재를 제외한다)를 소유 또는 관리하고 있는 종교단체(주무관청에 등록된 종교단체에 한한다)의 경내지 및 경내지내의 건물과 공작물의 임대용역


(5) 전통사찰보존법 제2조(정의)


이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.


3. \"경내지(경내지)\"란 불교의 의식(의식), 승려의 수행 및 생활과 신도의 교화를 위하여 사찰에 속하는 토지로서 대통령령으로 정한 것을 말한다.


(6) 전통사찰보존법시행령 제3조(경내지등의 범위)


①「전통사찰보존법」(이하 “법”이라 한다)제2조 제3호에서 \"사찰에 속하는 토지로서 대통령령이 정하는 것\"이라 함은 다음 각호의 토지를 말한다.

1. 경내건조물(건물 입목 죽 기타 지상물을 포함한다. 이하 같다)이 정착되어 있는 토지와 이와 연결되어 있는 그 부속토지

4. 정원 산림 경작지 및 초지와 사찰의 존엄 또는 풍치의 보존을 위하여 사용되는 사찰 소유의 토지

6. 경내건조물과 제1호 내지 제5호의 규정에 의한 토지의 재해방지를 위하여 사용되는 토지

② 법 제2조제4호의 유서가 있거나 학예 기예 또는 고고의 자료로 인정되는 것은 제작 또는 작성된지 50년 이상 경과된 것이어야 한다.


< 쟁점(2)관련 >


(7) 법인세법 제28조【지급이자의 손금불산입】


① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다) (1998. 12. 28. 개정)

나. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것


(8) 법인세법시행령 제53조【업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입】


① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다. (1998. 12. 31. 개정)


(9) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】


① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (1998. 12. 28. 개정)


② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율 이자율 임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.


(10) 법인세법시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】


① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율 요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.


다. 사실관계 및 판단


< 쟁점(1)에 대하여 본다 >


(1) 처분청은 쟁점건물이 ○○○의 문화재와는 아무런 관련이 없는 단순히 수익을 창출하기 위한 건물로서 종교활동과 밀접한 관련을 갖고 종교활동과 종교시설(문화재)의 보호 유지 등에 필수적인 경우에 경내지 안의 건축물로 인정받을 수 있는 바, 쟁점건물과 문화재 지역은 담장으로서 엄격히 구분되고 있는 점 등으로 보아 쟁점건물은 경내지 밖의 건물에 해당한다고 보고 청구법인이 쟁점건물을 특수관계자인 청구외법인에 임대하면서 장기간 회수하지 아니한 장기미수임대료와 장기간 지연회수 한 장기지연회수임대료에 대해 이를 특수관계자에 대한 실질적인 자금지원으로 보고 법인세법 제52조 규정에 의한 부당행위계산부인 규정을 적용하여 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입하여 이 건 법인세를 과세하였다.


(2) 청구법인은 쟁점건물이 ○○○의 경내지 안의 건물로서 처분청으로부터 1981년에 쟁점건물 임대사업에 대한 면세법인으로 사업자등록을 하였고 이후 일관되게 부가가치세 면세를 받아 왔음에도, 처분청이 장기미회수채권을 대여금으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하고 인정이자를 계산하여 이 건 과세한 처분은 부당하다고 주장하면서, ○○○의 토지 및 건물명세서 등을 제출하고 있는 바, 위 증빙 등을 근거로 쟁점건물이 경내지 안의 건물로서 “쟁점임대료”는 청구법인의 “수익사업”의 범위에 해당되지 않는 수입금액으로 볼 수 있는지 여부에 대해 살펴본다.


(3) 처분청은 청구법인에 대하여 2006.6.7.~6.27. 세무조사를 하였는 바, 조사종결복명서에 의하면, 청구법인은 1980.7.1. 설립되어 ○○○의 재산을 총괄 관리하고 산하 수익사업체를 관리감독하는 재단법인으로서, 산하 수익사업체로는 ○○○ 등 의료업과 부동산임대업을 주로 하고 있으며, 조사결과 쟁점건물의 임대용역과 관련하여 아래와 같이 인정이자 등을 적출하여 이 건 과세한 사실이 확인된다.


(4) 부가가치세법 제37조 규정 등에 의한 면세요건을 보면, 문화재보호법의 규정에 의한 ○○○를 소유 또는 관리하고 있는 주무관청에 등록된 종교단체의 경내토지, 경내토지 내의 건물 공작물을 임대하는 용역에 대하여 면세하도록 규정하고 있는데 이는 당해 ○○○를 유지, 보수하기 위한 재원을 조달하기 위한 것으로 면세요건은 , ① 청구법인이 문화재보호법상의 ○○○를 소유 또는 관리하고 있어야 하고, ② 주무관청에 등록된 종교단체이어야 하며, ③ 경내의 토지 및 경내의 건물과 공작물의 임대용역이어야 하는 3가지 요건을 동시에 충족하여야 하는 바, 청구법인이 ○○○을 소유 관리하고 있고, 주무관청에 등록된 ○○○이므로 위 ①, ②의 요건을 충족하고 있으며 이에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.


(5) 다음으로 쟁점건물이 ③ 경내지 안의 토지 및 경내지 안의 건물과 공작물의 임대용역에 해당하는지 여부에 대해 살펴본다.


(가) 부가가치세법시행령 제37조 제2호에 해당하는 “종교단체의 지정문화재 경내지 내의 건물임대용역”으로서 법인세법 제3조 제2항 및 같은 법 시행령 제2조 제1항 단서 및 제7호의 규정에 의하여 비영리법인의 “수익사업”에서 제외되는 수입금액은 법인세 비과세소득에 해당한다.


(나) 전통사찰보존법 제2조에 의하면, 제3호에서 \"경내지\"란 불교의 의식(의식), 승려의 수행 및 생활과 신도의 교화를 위하여 사찰에 속하는 토지로서 대통령령으로 정한 것을 말한다고 규정하고 있고, 전통사찰보존법시행령 제3조에서 “경내지등의 범위”를 규정하고 있는 바, 제1항 제1호에서 경내건조물(건물 입목 죽 기타 지상물을 포함)이 정착되어 있는 토지와 그 부속토지, 제4호에서 정원 산림 경작지 및 초지와 사찰의 존엄 또는 풍치의 보존을 위하여 사용되는 사찰 소유의 토지, 제6호에서 경내건조물과 제1호 내지 제5호의 규정에 의한 토지의 재해방지를 위하여 사용되는 토지를 규정하고 있고 제2항에서 제2조 제4호의 유서가 있거나 학예 기예 또는 고고의 자료로 인정되는 것은 제작 또는 작성된지 50년 이상 경과된 것이어야 한다고 규정하고 있다.


(다) 한편, 국세청 예규○○○는 부가가치세법 시행령 제37조 제2호의 규정에 의한 “종교단체의 경내지”라 함은 종교단체가 불교단체인 경우는 불교재산관리법 제4조 제2항의 규정에 의한 경내지를 말하며, 불교단체 이외의 종교단체인 경우에는 동법 동조 동항의 규정을 준용하여 사회통념에 따라 인정되는 토지를 말하는 것”으로 해석하고 있다.


(라) 국가지정 문화재 대장에 의하면, ○○○은 1981.9.25. 사적 제290호 문화재로 지정되었으며, 소유자 및 관리자는 청구법인이고, 면적은 4,100.8㎡이며 이들 유물은 17세기 초반의 것으로 연대추정이 거의 확실하여 당시의 국어학, 민속, 복식사 연구에 중요한 자료로 평가되고 있음이 문화재 지정사유로 기재되어 있다. 또한 그 연혁을 보면, 이 성당은 처음에는 한식기와집의 십자형 성당으로 세워졌으나 이듬해인 1900년에 원인 모를 화재로 소실되어 버렸다. 이에 ○○○는 서○○○ 김○○○ 정○○○ 등의 협력으로 1902년 소실된 장소에 다시 고딕식 벽돌건물로 준공하여 1903년 낙성식을 거행하였다. 이는 우리나라에서 건립된 고딕양식의 성당으로는 서울, 평양에 이어 세 번째이고, ○○○지방에서는 최초의 것이다. 그 후 1911년 천주교 ○○○가 설정되어 주교좌성당이 되자 성당을 증설하여 종각을 2배로 높이고 성당 뒤쪽을 확장하여 1918년 12월 비로서 현재의 성당 모습을 갖추게 되었다. 이 성당은 ○○○가 토착화되는 과정에서의 고충을 상징하는 건조물이라 할 수 있으며, 동시에 서양의 건축양식이 대구에 도입된 표본으로 기재되어 있다.


(마) 한편 청구법인은 문화재보호구역으로 지정된 ○○○의 면적 4,100.8㎡를 포함한 종교용 부지를 1915년경에 취득(18,053.8㎡ 중 14,049.65㎡, 나머지 토지 4,004.15㎡는 1981년 취득)하였으며, 15필지 모두 성당필지와 연접하여 있고, 쟁점건물소재지는 문화재보호구역에는 해당하지 않으나, ○○○안에 있는 성당의 지번○○○에 일부 걸쳐있으며 성당과 쟁점건물 사이에는 문화재 보호를 위해 생나무 울타리가 있는 점 등으로 보아 쟁점건물은 ○○○의 경내지 안에 포함되어 있음이 확인된다.


(6) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 보면, 문화재인 ○○○과 그 부수토지 등은 이미 1915년경에 취득 및 조성되었고, 일부토지( 4,004.15㎡)만 1981년에 취득하였으며 ○○○과 쟁점건물 사이에는 문화재 보호를 위해 생나무 울타리가 설치되어 있는 점, 청구법인은 1981.10.10. 임대사업에 대한 면세법인으로 사업자등록증을 교부받은 이후 매년 면세로 신고해 온 점 등으로 보아 쟁점건물은 경내지 안의 건물로서 비수익용 자산으로 보는 것이 타당하다.


따라서 청구법인은 주무관청에 등록된 종교단체이며 법인세법 제3조 제2항에 해당하는 비영리법인에 해당하고, 청구법인의 수입금액 중 ○○○의 경내지 안에 있는 쟁점건물 임대에 따른 수입금액은 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 같은 법 시행령 제37조 제2호의 규정에 해당하는 “종교단체의 지정문화재 경내지 안 건물임대용역”으로서 비영리법인의 “수익사업”에서 제외되는 수입금액으로 청구법인의 “수익사업”의 범위에 해당되지 않는 수입금액이므로 쟁점임대료가 부가가치세가 면제되는 경내지내에 임대소득이라는 청구법인의 주장은 타당한 것으로 판단된다.


< 쟁점(2)에 대하여 본다 >


(1) 처분청은 청구법인이 주장하는 비수익사업(쟁점임대료)은 사업소득의 범주에 속하지만 법인세법에서 정한 인정이자는 사업소득의 임대료가 아닌 이자소득에 해당하는 것이므로 설사, 쟁점임대료 수입을 비수익사업으로 본다 하더라도 처분청이 부당행위계산부인 규정을 적용하여 장기미회수채권에 대해 인정이자를 계산하여 과세한 처분은 정당하다고 보아 법인세 등을 과세하였다.


(2) 법인세법에 의한 부당행위계산부인 규정을 적용하여 산정된 인정이자를 소득세법상 이자소득으로 볼 수 있는지 여부에 대해 살펴본다. 소득세법 제16조 제1항 제13호에서 이자소득의 범위에 대하여 제1호 내지 제12호의 소득과 유사한 소득으로서 금전의 사용에 따른 대가의 성격이 있는 것을 규정하고 있는 바, 법인세법상 특수관계자간의 대여금 등에 대해 부당행위계산부인 규정을 적용하여 산정하는 인정이자는 특수관계자간에 자금을 유용한 기간동안의 인정이자를 계산하여 법인세로 과세한다는 취지이므로 소득세법상 이자소득과는 그 성격을 달리 보아야 한다.


따라서 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 산정된 인정이자의 경우도 법인세법 제3조 제2항 제2호 규정에 의한 “소득세법 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자할인액 및 이익”에 해당하는 것으로 보아야 한다는 처분청의 판단은 잘못이 있는 것으로 판단된다.



4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

  비영리법인으로부터 재화나 용역을 공급받고 대가를 지급하는 경우 지출증빙서류
  비영리법인이 원천징수된 이자소득세액에 대한 환급을 기한후 신고