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비영리법인의 현물출자시 발생한 양도차익은 손금에 산입하여 과세이연을 받을 수 있는 것임
2007-08-31 없음 2220
【제 목】 비영리법인의 현물출자시 발생한 양도차익은 손금에 산입하여 과세이연을 받을 수 있는 것임

【사건번호】 서이-271, 2007.02.07

【질의】
- 5년 이상 수익사업(임대업, 제조업, 의료업)을 영위하고 있는 비영리내국법인(학교법인)이 30년 이상 교육사업에 직접 사용하던 토지를 교육부의 승인을 받아 수익사업용으로 전환하여 임대용부동산(업무시설)을 공사기간 3년 계획으로 신축중에 있음
- 당사는 임대목적 건물이 준공되는 경우 부동산임대업을 영위하는 새로운 영리법인을 설립하여 부동산(토지 및 건물)을 현물출자하고, 그 대가로 주식을 100% 취득할 예정임.
1) 5년 이상 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 현물출자한 법인으로부터 주식을 취득하는 경우「조세특례제한법」제38조의 규정에 의한 양도차익의 과세이연을 적용받을 수 있는지.
2) 양도차익의 과세이연이 가능한 경우「법인세법 시행규칙」제76조의 규정에 따라 토지가액을 수익사업에 지출하는 때의 시가로 평가하여 장부가액을 기장한 경우 압축기장충당금 설정방법은.

【회신】
귀 질의와 같이 신설법인의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 토지 및 건축물을 현물출자한 경우에는「조세특례제한법」제38조의 규정에 따라 현물출자로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산시 손금에 산입하여 과세이연을 받을 수 있는 것이며, 같은법시행령 제35조 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 현물출자로 인하여 취득한 신설법인의 주식가액(「법인세법」제52조 제2항의 시가평가액)에서 현물출자한 자산의 현물출자일 전일의 장부가액을 차감한 금액으로 하되, 그 금액은 당해 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 하는 것임.




【관련 법조문】
ㆍ 조세특례제한법 제38조【현물출자에 대한 과세특례】
ㆍ 조세특례제한법 시행령 제35조【현물출자에 대한 과세특례】
ㆍ 조세특례제한법 시행규칙 제15조【이월과세적용대상자산의 취득가액】



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해 설 등록일 : 2007.03.19
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1. 질의내용 요약
- 5년 이상 수익사업(임대업, 제조업, 의료업)을 영위하고 있는 비영리내국법인(학교법인)이 30년 이상 교육사업에 직접 사용하던 토지를 교육부의 승인을 받아 수익사업용으로 전환하여 임대용부동산(업무시설)을 공사기간 3년 계획으로 신축중에 있음
- 당사는 임대목적 건물이 준공되는 경우 부동산임대업을 영위하는 새로운 영리법인을 설립하여 부동산(토지 및 건물)을 현물출자하고, 그 대가로 주식을 100% 취득할 예정임.
1) 5년 이상 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 현물출자한 법인으로부터 주식을 취득하는 경우「조세특례제한법」제38조의 규정에 의한 양도차익의 과세이연을 적용받을 수 있는지.
2) 양도차익의 과세이연이 가능한 경우「법인세법 시행규칙」제76조의 규정에 따라 토지가액을 수익사업에 지출하는 때의 시가로 평가하여 장부가액을 기장한 경우 압축기장충당금 설정방법은.

2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○ 조세특례제한법 제38조(현물출자에 대한 과세특례) ① 내국법인이 2009년 12월 31일까지 다음 각호의 요건을 갖춘 현물출자에 의하여 새로운 내국법인(「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사 및「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 제외한다. 이하 이 조에서 \\\"신설법인\\\"이라 한다)을 설립하는 경우에는 그 출자로 인하여 취득한 신설법인의 주식가액 중 현물출자로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 손금에 산입하여 과세를 이연받을 수 있다. (2006.12.30. 개정)
1. 신설법인의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 현물출자할 것 (99.12.28. 신설)
2. 주식 또는 대통령령이 정하는 자산을 현물출자할 것 (99.12.28. 신설)
② 내국법인이 다른 내국인 또는 외국인과 공동으로 출자하여 신설법인을 설립하는 경우에는 당해 내국법인과 공동으로 출자한 자가 법인세법 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자가 아닌 경우에 한하여 제1항의 규정을 적용한다. (2000.12.29. 단서삭제)

○ 조세특례제한법시행령 제35조(현물출자에 대한 과세특례) ① 법 제38조 제1항 제2호에서 \\\"대통령령이 정하는 자산\\\"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. (2006.2.9. 개정)
1. 토 지 (2000.1.10. 개정)
2. 건축물 (2000.1.10. 개정)
3. 제3조 제2항의 규정에 의한 자산 (2000.12.29. 개정)
② 법 제38조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 현물출자로 인하여 취득한 신설법인의 주식가액(「법인세법」제52조 제2항의 규정에 따른 시가 평가액을 말한다)에서 현물출자한 자산의 현물출자일 전일의 장부가액을 차감한 금액(그 금액이 당해 자산의 시가에서 장부가액을 차감한 금액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 제외한다)으로 하되, 그 금액은 당해 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다. (2006.2.9. 개정)
③ 법 제38조 제7항의 규정에 의하여 과세를 이연받고자 하는 내국법인은 당해 금액을 신설법인 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다. (2001.12.31. 개정)
④ 제2항 및 제3항의 규정에 의하여 계상한 압축기장충당금은 당해 주식을 양도(현물출자로 인하여 취득한 주식 외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우 현물출자로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도하는 것으로 본다)하는 사업연도에 이를 익금에 산입하되, 일부 주식을 양도하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 익금에 산입한다. (99.10.30. 개정)

현물출자로 인하여 취득한 신설법인의 주식 중 양도한 주식수
압축기장충당금×──────────────────────────
현물출자로 인하여 취득한 신설법인의 주식수

○ 법인세법시행령 제72조(자산의 취득가액 등) ① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다. (98.12.31. 개정)
4. 현물출자, 채무의 출자전환, 합병 또는 분할에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등: 취득당시의 시가. 다만, 제15조 제4항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식 등은 출자전환된 채권(법 제34조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권을 제외한다)의 장부가액으로 하고, 합병 또는 분할(물적분할을 제외한다)의 경우에는 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 동항 제6호의 금액 및 제11조 제9호의 금액을 가산한 가액으로 한다. (2006.2.9. 개정)

○ 법인세법기본통칙41-72…3(채권의 출자전환시 취득가액) 법정관리중인 법인의 채권을 보유하고 있는 법인이 법정관리계획에 따라 당해 채권을 출자전환하는 경우 당해 출자전환으로 취득하는 주식의 가액은 법인세법시행령 제72조 제1항 제4호의 규정에 따라 출자전환당시의 당해 주식의 시가로 한다. (2004.4.1. 신설)

○ 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 \\\"특수관계자\\\"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 \\\"부당행위계산\\\"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (98.12.28. 개정)
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 \\\"시가\\\"라 한다)을 기준으로 한다. (98.12.28. 개정)

○ 법인세법시행규칙 제76조(비영리법인의 구분경리) ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다. (99.5.24. 개정)
② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다. (99.5.24. 개정)
③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다. (99.5.24. 개정)
④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우「조세특례제한법」제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. (2005.2.28. 후단개정)
⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다. (99.5.24. 개정)

나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)
○ 서이-2201(2006.1.31.)
신설법인의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이「도시개발법」에 의한 도시개발사업에 활용중인 토지를 현물출자하여 새로운 내국법인을 설립하고, 그 신설법인이 주택 또는 상가 건설 등 도시개발사업을 영위하는 경우에는「조세특례제한법」제38조의 규정에 의하여 현물출자로 인하여 발생하는 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 과세이연받을 수 있는 것임.

○ 법인46012-4039(1999.11.20.)
조세특례제한법 제38조 제1항 및 같은법시행령 제35조 제2항의 규정에 의하여 주식압축기장충당금으로 손금에 산입할 수 있는 금액은 현물출자한 자산별 양도차익 및 양도차손을 합산하여 계산한 양도차익 중 동조 제1항의 규정에 의하여 과세이연이 적용되는 자산에 해당하는 양도차익(현물출자한 총자산에 대한 양도차익을 한도로 한다)을 말하는 것이며 동조 동항에서 \\\"법인이 사업에 직접 사용하던 자산\\\"이라 함은 현물출자법인이 사업에 직접 사용하던 토지, 건물 및 사업용자산을 말하는 것임.

  비영리법인이 지방자치단체로부터 시설 운영권을 위탁받아 운영함에 따라 발생하는 수익금을 지방자치단체에 귀속
  부가가치세가 과세되는 임대업을 겸영한 비영리법인이 임대업에 대한 모든 권리와 의무를 승계