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비영리법인의 고정자산 처분으로 인해 생기는 소득에 대한 고유목적사업준비금 손금산입 여부
2007-08-31 없음 2342
[문서번호] 서면2팀 -1034
[생산일자] 2007.05.29
[제목] 비영리법인의 고정자산 처분으로 인해 생기는 소득에 대한 고유목적사업준비금 손금산입 여부
[요약]

[질의]

(사실관계)

고등교육법에 의한 대학교등을 운영하는 비영리법인이 출연받은 토지를 수익사업(임대)에 사용하고 처분함.

(질의요지)

비영리법인이 출연받은 토지를 고유목적사업에 사용하지 않고 처분할 경우 당해 소득에 대한 법인세법 제29조에 의한 고유목적준비금의 손금산입 여부


[회신]

귀 질의의 경우, 「법인세법」제3조 제2항 제5호의 고정자산처분으로 인해 생기는 소득에 대한 같은법 제29조의 고유목적사업준비금 손금산입 여부는 기존 회신사례(재법인 46012-151, 2003.09.19외)를 붙임과 같이 보내드리니 참고하시기 바랍니다.

※ 관련법령

○ 법인세법 제29조 [고유목적사업준비금의 손금산입](부칙)

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 \"고유목적사업 등\"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.(2006.12.30 개정)

1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 따른 이자소득금액 및 동법 제17조 제1항 제5호의 규정에 따른 투자신탁 이익(2006.12.30 개정) [ 부칙 ]

2. 「소득세법」 제17조 제1항 제1호·제2호 및 제6호의 규정에 의한 배당소득금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다.(2005.12.31 개정) [ 부칙 ]

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액(1998.12.28 개정)

4. 제1호 내지 제3호 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액(2006.12.30 법명개정)

○ 법인세법 시행령 제56조 [고유목적사업준비금의 손금산입](중략)

③ 법 제29조 제1항 제4호에서 \"수익사업에서 발생한 소득\"이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항 및 「조세특례제한법」 제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제24조 제2항 및 「조세특례제한법」 제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다.(2006.02.09 개정)

○ 법인세법 기본통칙 29-56...2 [고유목적사업준비금의 손금산입대상 소득의 범위]

법 제29조 제1항 제4호에서 규정하는 \"수익사업에서 발생한 소득\"에는 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 당해 준비금을 동법 동조 제3항 제4호에서 정한 기한내에 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용하지 아니함으로써 익금에 산입한 금액을 포함한다.(2001.11.01 신설)

○ 법인세법 제3조 [과세소득의 범위](중략)

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 \"수익사업\"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.(1998.12.28 개정)

1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것(1998.12.28 개정)

2. 「소득세법」 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익(2006.12.30 법명개정)

3. 「소득세법」 제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금(2006.12.30 법명개정)

4. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입(1998.12.28 개정)

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입(1998.12.28 개정)

6. 제1호 내지 제5호 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것(1998.12.28 개정)

※ 유사사례

■ 서면2팀 -811, 2006.05.11

[ 질의 ]

(사실관계)

- 외국법인 한국자회사에 근무하는 외국인근로자 A는 2003년 동 외국법인의 일본 자회사에서 근무하던 당시 외국 모법인으로부터 부여받은 스톡옵션을 2006년 한국 근무기간중에 행사함.

- A는 일본에서 2002.1.부터 2006.6.까지 근무하다가 2006.7.에 한국자회사로 파견되어 현재까지 근무하고 있으며 2년 정도 한국에서 근무할 예정임. 당 법인은 고도기술 도입사업으로 조세감면을 적용받고 있음.

- A는 2006년에 한국 근무중 스톡옵션을 행사함으로써 발생한 스톡옵션 행사이익에 대한 소득세를 일본「소득세법」에 따라 일본 과세당국에 납부하였음. 당 법인은 상기 감면사업을 동일사업장 내에서 A사업부와 B사업부로 별도 운영하고 있음.


[ 회신 ]

거주자가 외국에서 근로를 제공함으로 인하여 외국법인으로부터 부여받은 스톡옵션을 행사하여 얻은 소득에 대하여, 당해 소득이 국외원천소득으로서 원천지국에서 적법하게 납부한 세금이 있는 경우에는「소득세법」제57조 규정에 의한 외국납부세액공제를 적용할 수 있는 것임.

■ 서면2팀 -339, 2006.02.14

[ 질의 ]

문의1)의 경우

법인세법 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 수익사업을 영위하지 아니하는 학교법인이 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 부동산을 양도하는 경우 젬5호의 \'고정자산처분으로 인하여 생기는 수입\'에 해당하여 법인세를 과세하는지 여부?

문의2)의 경우

고정자산처분으로 인하여 생기는 수입에 해당하여 법인세를 과세하는 경우 당해 부동산의 양도차익이 법인세법 제29조 제1항 제4호의 수익사업에서 발생한 소득에 해당되어 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입할 수 있는지 여부?

문의3)의 경우

고유목적사업준비금 설정방법에 있어서

1) 장부기장의무가 없으므로 법인세법시행규칙 별지 제27호 및 제28호 서식의 작성만으로 가능한지 여부?

2) 아니면 부동산양도가액을 수입금액으로 보아 손익계산서, 대차대조표 등 재무제표를 작성하여 당해 준비금을 설정하는지 여부?


[ 회신 ]

귀 문의의 경우 비영리법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 부동산을 양도하는 경우에는 법인세법 제3조 제2항 제5호의 규정에 의하여 각사업연도 소득에 대한 법인세가 과세되는 것이므로 법인세 과세표준신고를 이행하여야 하며, 이때 발생한 소득에 대하여는 같은법 제29조 제1항 제4호의 규정에 의하여 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있는 것입니다.

■ 재법인 46012-151, 2003.09.19

[ 질의 ]

(사실관계)

1. 본 법인은 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 비영리종교법인으로서 전도, 교육, 구호, 사회봉사 … 등의 사업을 수행하고 있으며 본 법인의 목적과 사업에 필요한 재정염출을 위하여 수익사업도 시행하고 있음.

2. 본 법인이 1961.9.12부터 소유하던 임야를 국가가 2001.11.13 중앙토지수용위원회의 수용재결(수용시기 : 2001.12.28)에 의하여 손실보상금 1,038,249,150원을 공탁하고 2001.12.31 국가명의로 소유권이전등기가 경료되었음.

3. 본 법인이 수용재결에 대한 이의신청을 하여 2002.4.16 중앙토지수용위원회에서 손실보상금을 1,079,675,550원으로 인상변경하는 수용재결을 하고 본 법인이 행정소송을 제기하지 않아 종결되었음.

4. 수용토지는 본 법인이 교인묘지로 사용할 목적으로 취득하였으나 1976.10.경부터 군 부대가 주둔하면서 무단 점유, 사용(1982.8.1 지상에 지휘통제실1동 등 건물과 시설물 설치)해 오고 있어 고유목적사업에 사용할 수가 없었음.

(질의요지)

가. 본 법인은 위 수용토지의 양도소득에 대한 법인세를 납부해야 되는지(손실보상금은 종교목적사업에 사용함).

나. 본 법인이 당초 종교시설(예배당, 교육관, 기도원 등)을 건축할 목적으로 토지(임야)를 취득하였다가 사정에 의하여 종교시설을 건축하지 못하고 양도할 경우(이 경우 양도대금은 종교목적사업에 사용함) 법인세의 납부의무가 있는지.


[ 회신 ]

귀 질의의 경우, 비영리내국법인이 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 토지를 처분하는 경우 정당한 사유여부에 불구하고 당해 토지의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대해서는 법인세가 과세되는 것임. 다만, 동 금액에 대해서는 법인세법 제29조의 규정에 의하여 소득금액의 50％까지 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입이 가능하나 손금으로 계상한 고유목적사업준비금에 대해서는 5년 이내에 고유목적사업에 사용하도록 하고 있음.


  공익법인 운용소득의 직접공익목적사업 사용 여부
  비영리법인의 고정자산 처분시 법인세 과세