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청구법인이 기한내에 경정청구를 하고 관련서류를 처분청에 보완제출하면서 쟁점토지의 처분대금이 법인세 과세제외되어야 한다고 경정청구 사유를 변경한 것에 대하여 동 사유변경 시점이 경정청구기한을 도과하였다 하여 경정청구를 거부한 처분이 적법한지 여부 (경정)
2007-08-29 없음 2067
청구법인이 기한내에 경정청구를 하고 관련서류를 처분청에 보완제출하면서 쟁점토지의 처분대금이 법인세 과세제외되어야 한다고 경정청구 사유를 변경한 것에 대하여 동 사유변경 시점이 경정청구기한을 도과하였다 하여 경정청구를 거부한 처분이 적법한지 여부 (경정)
(2) 비영리법인인 청구법인이 처분일 현재 쟁점토지를 3년이상 고유목적사업에 직접 사용하다가 처분한 것으로 보아 동 처분대금을 과세제외소득으로 볼 수 있는지 여부(경정)

청구번호 2005광4157 결정일자 2006년11월01일 주세목 법인세


심판청구번호 국심 2005광4157(2006. 11. 1.)



주 문


○○○세무서장이 2005.7.19. 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 청구법인이 청구외 ○○○주식회사에게 양도한 ○○○ 임야 19,218㎡, ○○○ 임야 2,045㎡ 및 ○○○ 임야 1,329㎡를 법인세법 제3조 제2항 제5호 및 같은법시행령 제2조 제2항에서 규정하고 있는 바 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 보아 그 처분대금을 법인세 과세제외소득으로 하여 2002사업연도 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.



이 유


1. 처분개요


청구법인은 ○○○ 종중으로 1996.4.1.부터 국세기본법 제13조(법인으로 보는 단체) 제2항에 따라 등록된 비영리법인인데, 2002.11.1. 아래 표와 같이 청구법인 소유인 ○○○ 임야 19,218㎡외 8필지 계 27,303㎡를 청구외 ○○○주식회사에게 12,815,390,000원에 양도하고 위 양도한 토지를 수익사업용 고정자산으로 보아 동 취득가액을 1989.1.1. 현재 상속세 및 증여세법 제60조 및 제61조 제1항내지 제3항에 의한 가액으로 평가하여 2002사업연도 법인세를 신고납부하였다.


청구법인은 2005.3.29. 위 양도한 토지는 수익사업용 고정자산이 아니므로 법인세법 부칙 제8조 제2항 단서 규정에 따라 1991.1.1. 현재 개별공시지가로 평가하여야 한다는 경정청구를 하였고, 동 경정청구중이던 2005.5.26. 양도한 위 토지 중 아래 표 구분란의 ④번과 ⑤번토지를 제외한 토지는 3년이상 고유목적사업에 직접 사용하다가 처분하였으므로 동 처분대금을 과세제외소득으로 보아야 한다고 경정청구 사유를 변경하였다.


처분청은 청구법인이 양도한 토지는 당초 법인세 신고내용과 같이 수익사업용 고정자산이라 하여 2005.7.22. 경정청구를 거부하였다.


청구인은 이에 불복하여 2005.7.29. 이의신청을 거쳐 2005.11.25. 심판청구를 제기하였다.

○○○

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견


가. 청구법인 주장


청구법인이 ○○○주식회사에게 양도한 토지 중 ○○○(위 3필지 토지를 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)은 약 5백년전부터 문토로 구입하여 조상들의 묘지로 사용하다가 양도한 토지로서 비영리내국법인이 당해 고정자산의 처분일 현재 3년이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산이므로 쟁점토지의 처분대금은 법인세 과세소득이 아니다.


따라서 청구법인이 쟁점토지 등의 취득가액을 개별공시지가로 평가하여야 한다는 법인세 경정청구를 하던 중 쟁점토지의 처분대금이 법인세 과세소득이 아님을 알고서 과세제외하여야 한다고 경정청구사유를 변경하였음에도 경정청구기간도과를 이유로 청구법인의 주장을 인용하지 아니함은 부당하다.


나. 처분청 의견


쟁점토지 주변에 ○○○이 건설되는 등 동 토지는 1993.9월 이전에 도심내 주거지역에 편입되었는 바, 오래전에 주거지역에 편입된 임야에 묘지가 몇 기 존재한다고 하여 선산으로서의 기능을 상실한 쟁점토지를 고유목적 사업용 고정자산이라고 할 수 없다.


또한, 청구법인의 2002사업연도 법인세 경정청구기한은 2005.3.31.임에도 청구법인은 2005.3.29. 경정청구를 하고 이와 관련된 서류를 2005.5.26. 보완하면서 쟁점토지가 고유목적사업용 고정자산의 양도임을 이유로 법인세 과세제외할 것을 주장하였다. 따라서 2005.5.26.자 경정청구사유는 경정청구기간이 도과된 부적법한 청구이므로 경정거부처분은 정당하다.


3. 심리 및 판단


가. 쟁점


(1) 청구법인이 기한내에 경정청구를 하고 관련서류를 처분청에 보완제출하면서 쟁점토지의 처분대금이 법인세 과세제외되어야 한다고 경정청구사유를 변경한 것에 대하여 동 사유변경이 경정청구기한(2005.3.31.)을 도과하여 있었음(2005.5.26.)을 이유로 경정거부한 처분이 적법한지 여부


(2) 비영리법인인 청구법인이 처분일 현재 쟁점토지를 3년이상 고유목적사업에 직접 사용하다가 처분한 것으로 보아 동 처분대금을 과세제외소득으로 볼 수 있는지 여부


나. 관련법령


(1) 국세기본법(2000.12.29. 법률 제6303호로 개정된 것) 제45조의 2 【경정등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.


1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때


2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때


(2) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.


1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것


5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입


(3) 법인세법시행령 제2조 【수익사업의 범위】 ② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.


(4) 법인세법 부칙(1998.12.28. 법률 제5581호) 제8조 【수익사업소득계산에 관한 특례】 ② 제3조 제2항 제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1989년 1월 1일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 및 동법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다. 다만, 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물로서 수익사업용이 아닌 것의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 및 동법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다.


다. 사실관계 및 판단


(1) 비영리법인인 청구법인이 2002.11.1. 아래 표와 같이 청구법인 소유인 ○○○ 임야 19,218㎡외 8필지 계 27,303㎡를 ○○○주식회사에게 12,815,390,000원에 양도하고 위 양도한 임야를 수익사업용 고정자산으로 보아 법인세를 신고납부하였다가 2005.3.29. 위 양도한 토지는 수익사업용 고정자산이 아님을 이유로 경정청구를 하였으며, 동 경정청구중이던 2005.5.26. 처분청에 보완서류를 제출하면서 양도한 위 토지 중 아래 표의 ④번과 ⑤번토지를 제외한 토지는 3년이상 고유목적사업에 직접 사용하다가 처분하였으므로 동 처분대금을 과세제외소득으로 보아야 한다고 경정청구 사유를 변경한 것,


처분청은 청구법인이 2005.5.26. 경정청구 관련서류를 보완제출하면서 변경한 경정사유는 경정청구기한(2005.3.31.)을 도과하여 있었고, 청구법인이 양도한 토지는 당초 법인세 신고내용과 같이 수익사업용 고정자산으로 보아야 한다고 하여 2005.7.22. 경정청구를 거부하였다.


이에 청구법인은 ○○○국세청장에게 이의신청을 하였고, ○○○국세청장은 이의신청에서 아래 표 중 ④번과 ⑤번토지는 수익사업용 고정자산이므로 그 취득가액을 「장부가액과 1989.1.1. 현재 상속세 및 증여세법 제60조 및 같은법 제61조 제1항내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액」으로 하고, 나머지 토지는 수익사업용 고정자산으로 볼 수 없으므로 그 취득가액을 「장부가액과 1991.1.1. 현재 상속세 및 증여세법 제60조 및 같은법 제61조 제1항내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액」으로 하여야 한다는 경정결정을 하였고, 청구법인이 2005.5.26. 제기한 경정청구사유와 관련하여서는 쟁점토지가 비영리내국법인이 3년이상 고유목적사업에 사용한 고정자산에 해당되므로 법인세 과세대상에서 제외되어야 마땅하나, 청구법인 스스로 수익사업용으로 법인세를 신고하였고, 경정청구시에도 비영리내국법인의 수익사업용이 아닌 고정자산이라고 주장하였다가 경정청구기간이 도과한 후에 과세대상이 아니라고 주장하였는 바, 적법한 경정청구가 아니므로 경정거부한 처분청의 결정이 정당하다고 기각한 것에 있어서는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

○○○

(2) 쟁점1을 본다.


(가) 청구법인은 기한내 제출한 경정청구에 대한 처분청의 조사 중 보완서류를 제출하면서 경정청구사유를 변경한 것은 당초 청구와 관련된 것이기 때문에 청구법인이 2005.5.26. 쟁점토지를 포함한 양도토지의 처분대금 중 일부가 법인세 과세제외소득이라 하여 법인세 3,094백만원을 전액 환급하라고 청구내용을 변경한 것은 적법한 청구라고 주장하고 있고, 이에 대하여 처분청 및 ○○○국세청장은 경정청구사유는 청구기간내에 제기된 것만이 조사대상이며, 동 조사 중 추가된 경정청구사유라 할지라도 제출시점이 경정청구기간을 도과하였다면 조사대상이 아니라는 의견인 바 이에 대하여 본다.


(나) 과세관청은 납세자로부터 경정청구를 받으면 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 그 결과를 납세자에게 통지해야 하며, 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사ㆍ확인할 의무가 있다 할 것이므로, 국세기본법상 통상의 과세처분취소를 구하는 불복에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분취소를 구하는 불복 역시 그 거부처분의 실체적, 절차적 위법․부당사유를 취소원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라 할 것인 바, 그 과세표준 및 세액의 인정이 위법․부당하다고 내세우는 개개의 위법․부당사유는 납세자가 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어방법에 불과하다고 하겠다(○○○).


(다) 그러하다면 청구법인이 경정청구기한내인 2004.3.29. 취득가액산정 잘못을 사유로 법인세 2,350백만원의 환급을 구하는 경정청구를 한 후 이에 대한 처분청의 조사ㆍ확인 중에 보완서류를 제출하면서 2005.5.26. 쟁점토지를 포함한 양도토지의 일부가 비과세 대상이라 하여 법인세 3,094백만원을 전액 환급하라고 청구내용을 변경한 것은 2004.3.29. 제기한 경정청구에 대한 처분청의 조사ㆍ확인이 종료되기 전에 이 건 법인세 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 인정이 위법․부당함을 입증하기 위하여 내세우는 공격방어방법의 변경에 불과하다고 할 것인 바, 구태여 경정청구에 있어서만 이러한 공격방어방법을 경정청구기한을 기준으로 하여 배제할 합당한 이유를 달리 찾기 어려울 뿐 아니라 처분청 및 ○○○국세청장의 의견과 같이 경정청구사유의 변경을 청구기간내에 제기된 것만 조사대상이라고 보는 경우에도 결국 경정청구시 거부된 경정청구사유가 이에 대한 불복에 의하여 다루어진다면 거부의 실익도 없으므로 납세자의 권리구제 측면에서 도입된 경정청구제도의 취지에도 부합하지 아니한다고 하겠다. 따라서 청구법인의 이 건 경정청구사유의 변경은 적법하다고 할 것임으로 처분청이 경정청구기간의 도과를 이유로 기각한 처분은 위법하다고 판단된다.


(3) 쟁점2를 본다.


(가) 쟁점토지의 양도당시 현황 등과 관련하여, 청구법인은 쟁점토지는 5백년전부터 문토로 구입하여 조상들의 묘지로 사용하여 왔기 때문에 3년이상 고유목적사업에 직접 사용하다가 처분한 것으로 보아 동 처분대금을 법인세 과세제외소득으로 보아야 한다는 주장이고, 처분청은 쟁점토지에 분묘는 존재하나 선산 및 위토로서 기능이 없다고 하여 그 처분대금을 과세제외소득으로 볼 수 없다는 의견인 바 이에 대하여 본다.


(나) 처분청이 쟁점토지가 선산으로서의 기능을 상실하였다고 보는 근거를 보면, 첫째, 청구법인의 경정청구에 대한 현지확인조사시 ○○○주식회사의 아파트 시공으로 쟁점토지 등의 양도당시 현황을 파악할 수 없자 관할구청인 ○○○의 토지특성조사표 등에 의한 서면확인과 쟁점토지에 소재하였다가 다른 곳으로 이장한 묘지에 대하여 족보 및 이장 현장을 확인하였는 바, ○○○ 토지관리계에 보관된 관련문서에 의하면 쟁점토지는 1993.9월 이전에 주거지역으로 편입된 사실이 확인되고, 쟁점토지가 주변 도로개설, ○○○, ○○○, 아파트 및 상가건설 등으로 인하여 도심내에 소재하고 있는 점,


둘째, 장사 등에 관한 법률(2001.1.13. 개정) 제13조 제6항은 20호 이상의 인가가 밀집한 지역에는 묘지설치를 제한하고 1기당 면적도 30㎡로 제한하고 있으며, 장사등에 관한 법률 제15조는 도시계획법 제32조에 의한 주거지역․상업지역․공업지역에는 묘지설치를 제한하고 있는 바, 쟁점토지가 묘지설치를 위한 선산의 기능을 상실하여 고유목적사업용 고정자산으로 볼 수 없는 점,


셋째, 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) 및 같은법 시행령 제66조 제4항 제1호는 8년이상 자경농지일지라도 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역내 편입된지 3년이 지난 농지는 감면을 배제하고 있는 바, 이미 오래전에 주거지역에 편입된 임야에 묘지가 몇 기 존재한다고 해서 쟁점토지를 고유목적사업용 고정자산으로 과세제외한다면 조세형평성 측면에서도 문제가 있다는 점을 들고 있다.


(다) 처분청이 제출한 서류 등을 보면, ○○○국세청장은 이의신청결정 당시 쟁점토지의 현황에 대하여 조사를 하였는 바, 쟁점토지 중 ○○○ 임야 19,218㎡에는 묘가 33기 봉안되어 있다가 2001.1.15.부터 2002.4.15.까지 29기를 이장하고 양도일 현재는 4기가 남아 있었고, ○○○ 임야 2,045㎡에는 묘가 13기 봉안되어 있다가 2001.5.15.부터 2002.4.15.까지 10기를 이장하고 양도일 현재는 3기가 남아 있었으며, ○○○ 임야 1,329㎡에는 묘가 5기 봉안되어 있다가 2002.4.15. 전부 이장하였고, 양도일 현재는 묘가 없음을 확인하였다.


한편, 쟁점토지가 선산으로서의 기능을 상실했는지와 관련하여서는 쟁점토지가 1993.9월 이전부터 일반주거지역에 편입된 사실은 지적도에 의하여 확인되나, 장사 등에 관한 법률 제15조 및 같은법시행령 제14조는 일반주거지역에는 묘지를 설치할 수 없다고 규정하고 있을 뿐 이미 설치되어 있는 묘지에 대하여는 경과규정을 두고 있지 아니하고 있고, 청구법인의 문중회의에서 쟁점토지의 선산을 양도하고 다른 장소로 선산을 이전하기로 결의하고, 이에 따라 이장을 하여 현재는 묘 7기가 남아 있음을 매매계약서 및 지출결의서 등에 의하여 확인하였는 바, 쟁점토지는 선산으로서 청구법인의 고유목적사업에 3년이상 사용한 고정자산이라고 판단하였다.


(라) 청구법인은 ○○○ 임야 등 22필지를 1999.10.22. ○○○ 건설용지로 ○○○에 협의양도하고 보상금 3,956,976,500원을 수령한 후 특별부가세만 납부하였는데 이에 대하여 처분청은 청구법인이 양도한 토지를 3년이상 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 2001.3.14. 청구법인에게 1999사업연도 귀속분 법인세 1,145,014,510원을 부과하였고, 청구법인은 심판청구를 제기하였다.


청구법인이 제출한 심판청구에 대한 결정내용(○○○)을 보면, 당시 처분청은 청구법인이 양도한 토지에 묘지 18기가 있었다는 사실만으로는 동 토지를 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 없고, 토지매매계약서에도 묘지 등 지장물건 보상내역이 없으며, 임야․대지 등은 고유목적사업에 직접 사용하기 어려우므로 쟁점토지는 수익사업용 자산으로 볼 수 밖에 없다는 의견이었으나, 우리심판원은 청구법인이 제출한 선조사적순례행사교재 및 족보 등에 의하면, 약 500년전부터 ○○○ 등이 문토로서 사용되어 왔고, 구 등기부등본과 종중회의록(1974.12.1.) 등에 의하면, 양도된 토지가 모두 1필지(○○○)에서 분할되었는 바, 토지 수용당시 임야이었던 ○○○에는 각각 묘 14기와 묘 4기가 있었음이 확인되는 점 등을 들어 이들 2필지는 수용당시 3년이상 청구법인의 고유목적사업(조상의 유택지)에 직접 사용한 사실이 확인된다 하여 그 처분대금을 법인세 과세소득에서 제외함이 타당하다고 결정하였다.


(마) 판단


청구법인이 제기한 심판청구사건(○○○)에서와 마찬가지로 이 건 쟁점토지도 모두 약 500년전부터 문토로서 사용되어 왔음이 인정되는 ○○○에서 분할된 사실이 임야대장 및 등기부등본 등에 의하여 확인되는 점과 위에서 본 바와 같이 쟁점토지의 양도당시 그 위에 분묘가 있었고, ○○○국세청장도 쟁점토지를 선산으로 보았음이 이의신청결정서 등에 의하여 확인되는 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점토지는 선산으로서 비영리법인인 청구법인이 3년이상 고유목적사업에 직접 사용하다가 처분한 고정자산이라 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점토지를 수익사업용 고정자산으로 보아 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.


라. 결 론


이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.


  청구법인을 비영리법인으로 볼 수 있는지 여부 및 비영리법인에 해당하는 경우, ○○○시설물관리용역의 제공에 따른 쟁점사업비 및 정산반환금을 수익사업과 관련되지 아니한 것으로 보아 가산세의 적용을 배제할 수 있는지 여부
  청구법인을 고유목적사업준비금 손금산입 대상인 비영리법인으로 볼 수 있는지 여부 (기각)