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비영리법인인 청구법인이 ○○○시로부터 교부받은 출연금이 면세용역의 고급에 대한 대가로 보아 공통매입세액 안분계산한 처분의 당부(인용)
2008-06-17 없음 2102
심판청구번호 국심 2007서2230 (2008. 1. 22.)



주 문


○○○세무서장이 2007.3.7. 청구법인에게 한 부가가치세 2002년 제2기 47,019,300원, 2003년 제1기 23,719,820원, 2003년 제2기 30,281,210원, 2004년 제1기 27,526,210원, 2004년 제2기 22,513,400원, 2005년 제1기 42,051,400원 및 2005년 제2기 33,776,670원의 부과처분은 공통매입세액 안분계산시 총공급가액 및 면세공급가액에서 ○○○시로부터 지급받은 출연금 12,971,682,829원을 각각 차감하여 그 과세표준과 세액을 각각 경정한다.


이 유


1. 처분개요


가. 청구법인은 2002.1.24. ○○○의 경쟁력 향상과 사회참여 및 복지증진을 목적으로 민법 제32조 및 ○○○시조례에 따라 ○○○시에서 출연하여 설립된 비영리법인인 바, 2002년 제2기부터 2005년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 청구법인은 고유목적사업 및 면세사업관련 매입세액 488,437,457원을 매출세액에서 불공제하고, 과세사업과 고유목적사업 및 면세사업에 공통으로 사용되어 그 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액 469,575,936원은 총공급가액 8,025,191,538원에 대한 면세공급가액 471,490,942원의 비율에 의하여 공통매입세액 안분계산하여 면세사업관련 매입세액 19,740,749원을 불공제하고, 부가가치세를 신고하였다.


나. 처분청은 청구법인이 2002년 제2기부터 2005년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 ○○○시로부터 받은 출연금 12,971,682,829원(이하 “쟁점출연금”이라 한다)을 공통매입세액 안분계산시 면세공급가액 및 총공급가액에 각각 산입하여 2007.3.7. 청구법인에게 아래 <표1> 내역과 같이 부가가치세를 경정·고지하였다.


○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.5.31. 이 건 심판청구를 제기하였다.


2. 청구법인 주장 및 처분청 의견


가. 청구법인 주장


(1) 쟁점출연금은 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가관계 없이 무상으로 교부받은 것이고, 법인세법상 수익사업에서 생기는 각 사업연도의 소득이 아니어서 법인세법 규정에 의한 과세표준에도 해당되지 아니하므로 면세용역공급에 대한 대가로 볼 수 없는 바, 이를 공통매입세액 안분계산시 면세공급가액 및 총공급가액에 각각 산입하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다.


(2) 청구법인이 고유목적사업과 수익사업을 영위하고 있으므로 과세·면세사업 사용면적비율을 기준으로 공통매입세액을 안분계산하는 것이 보다 합리적이다.


나. 처분청 의견


(1) 청구법인이 고유목적사업을 위하여 ○○○시 소유 재산을 무상으로 사용하여 면세사업인 교육사업 등을 영위하고 동 교육사업 등의 수입금액으로 충당되지 않는 법인운영비용을 ○○○시로부터 실비 상당액의 출연금으로 받은 경우 당해 법인의 과세사업과 면세사업에 공통으로 관련된 공통매입세액을 안분계산시 그 출연금은 부가가치세법시행령 제61조의 규정에 의한 면세사업 관련 공급가액에 포함되는 것이고, 부가가치세법시행규칙 제18조의2제1항에 의한 공통매입세액 안분계산시 면세공급가액은 공통매입세액에 관련된 면세사업에 대한 소득세법 및 법인세법에 의한 수입금액을 말하고, 법인세법에 의한 수입금액은 비영리법인의 수익사업과 고유목적사업의 수입금액을 모두 포함하는 것이며, ○○○시조례에 의하면, 쟁점출연금은 청구법인의 고유목적 수행을 위한 자금 등 수익사업에서 충당되지 않는 부분을 지원하기 위하여 ○○○시에서 교부하는 것이므로, 이는 청구법인이 부가가치세법 제12조제1항제16호 및 같은법시행령 제37조 제1호의 규정에 의한 ‘그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역’에 대한 대가로 받은 것으로 보아야 하므로 쟁점출연금을 공통매입세액 안분계산시 면세공급가액 및 총공급가액에 각각 산입하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다.


(2) 부가가치세법시행령 제61조제1항에 의하여 공통매입세액은 공급가액 비율로 안분계산하도록 되어 있고, 과세·면세사업의 공급가액이 없는 경우 등에만 매입가액 비율이나 사용면적 비율로 계산하도록 되어 있으므로 면적을 기준으로 안분계산하여 달라는 청구주장은 받아들일 수 없다.


3. 심리 및 판단


가. 쟁 점


(1) 청구법인이 ○○○시로부터 받은 출연금이 면세용역의 공급에 대한 대가인지 여부


(2) 청구법인의 공통매입세액을 부가가치세법시행령 제61조에 의한 매입세액 안분계산시 ○○○시의 출연금을 면세공급가액에 산입하는지 여부


나. 관련법령


(1) 민법


제32조【비영리법인의 설립과 허가】학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.


(2) 부가가치세법


제2조【납세의무자】①영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

②제1항의 규정에 의한 납세의무자에는 개인ㆍ법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)과 법인격없는 사단ㆍ재단ㆍ기타 단체를 포함한다.


제12조【면세】①다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

16. 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것


제13조【과세표준】②다음 각호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

4. 국고보조금과 공공보조금


제17조【납부세액】①사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 \"매입세액\" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

②다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

(3) 부가가치세법시행령


제37조【종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위】

법 제12조제1항제16호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법시행령 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역


제48조【과세표준의 계산】⑩법 제13조제2항제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다.


제61조【매입세액의 안분계산】①사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세공급가액
면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ───────
총공급가액

④제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율


(4) 부가가치세법시행규칙


제18조의2【매입세액의 안분계산】①영 제61조제1항 및 제3항에서 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.


다. 사실관계 및 판단


(1) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.


(가) ○○○세무서장의 부가가치세 부분조사 종결보충조서 등에 의하면, 아래 각 사실들이 확인된다.


1) 청구법인은 각계 각층에서 최대의 능력을 발휘할 수 있는 여성인적자원을 양성할 목적으로 ○○○시재단법인○○○설립및운영에관한조례에 따라 ○○○시의 출연에 의하여 2002.1.24. 설립되었다.


2) ○○○시재단법인○○○설립및운영에관한조례 제3조 및 제12조에 의하면, ○○○의 사회활동 네트워크의 거점화 사업, 여성인력개발 및 경제 자원화 사업 및 여성관련시설의 효과적인 운영을 위하여 ○○○시장이 위탁하는 사업 등을 청구법인의 고유목적사업으로 하되, 고유목적사업의 원활한 수행을 위한 재정자립도 제고를 위하여 수익사업을 영위할 수 있도록 규정되어 있고, 청구법인은 ○○○ 소재 ○○○ 건물(대지면적 6,487.5㎡, 건물연면적 22,519.96㎡, 지하3층/지상5층, 국제회의장, 아트홀, 강의실, 회의실, 세미나실 등의 문화교육시설 및 대식당, 숙박시설 등 각종 부대시설)을 ○○○시로부터 무상사용허가를 받아 청구법인의 고유목적사업 및 수익사업 용도로 사용하고 있다.


3) 청구법인의 부가가치세 신고시 각 사업별 과세·면세 구분 및 시설이용현황은 아래 <표2>·<표3>과 같다.

○○○

(나) ○○○시재단법인○○○설립및운영에관한조례 제11조 및 제13조에 의하면, ○○○시는 청구법인의 설립·운영 및 사업에 필요한 자금을 충당하기 위하여 예산의 범위 안에서 출연금을 교부할 수 있고, 청구법인의 운영 및 사업에 필요한 재원은 ○○○시의 출연금, 수탁사업수입금 및 기타수입금 등으로 충당하도록 규정되어 있으며, 청구법인의 2005년도 2/4분기 출연금 교부신청서(2005.3.23.)에 의하면, 출연금 소요내역이 인건비, 재단운영 기본경비, 시설관리 및 유지, 교육·교류 등 주요사업으로 되어 있다.


(다) 한편, 처분청은 쟁점출연금은 청구법인의 고유목적사업을 수행하기 위한 자금 중 수익사업에서 충당되지 않는 부분을 지원하기 위하여 ○○○시가 청구법인에게 지급한 것이므로 부가가치세법 제12조제1항제16호의 규정에 의한 ‘공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역’의 공급에 대한 대가로 보아야 한다는 의견이다.


(라) 살피건대, 청구법인과 ○○○시가 용역 공급과 관련한 별도의 공급계약을 체결한 사실이 없고, 청구법인이 제공하는 용역 등의 대가를 ○○○시와 실제 시설이용자인 ○○○시민이 직접 분담하여 지급한 것으로 보기도 어려우며, 쟁점출연금은 청구법인의 운영자금 부족분을 충당하는데 소요되는 자금을 예산의 범위 내에서 출연금으로 교부 받는 지원예산의 성격을 가지고 있는 점 등에 비추어 쟁점출연금을 공익을 목적으로 하는 단체가 용역 등을 공급하고 지급받는 대가로 보기 어렵다고 판단된다.


(마) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 쟁점출연금은 청구법인이 용역 등의 제공에 따른 대가로 지급받은 것으로 보기 어려우므로 이를 공통매입세액 안분계산시 면세공급가액 및 총공급가액에 각각 산입하여 청구법인에게 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.


(2) 쟁점(1)에서 쟁점출연금은 용역 등의 제공에 따른 대가로 보기 어려우므로 이를 공통매입세액 안분계산시 면세공급가액 및 총공급가액에 산입하지 아니하는 것으로 판단한 이상, 쟁점(2)는 그 심리의 실익이 없어 이에 대한 심리를 생략한다.


4. 결론


이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

  비영리법인인 청구법인이 과세대상기간에 부가세 과세대상이 되는 수익사업에 대한 매출액 없이 국고보조금 및 국제축구연맹으로부터 받은 보조금만 있다하여 매입세액 전액을 면세관련 매입세액으로 보아 불공제한 처분의 당부 (일부인용)
  아파트로 주민등록을 이전하였다 하더라도 어린이집을 개원한 이래 아파트를 실제 주거용으로 사용하지 아니하는바 어린이 보육시설 이외의 용도에 사용하는 것