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공익법인이 지켜야 할 일
2007-09-18 없음 3069
공익법인이 지켜야 할 일

공익법인에 대한 조세 지원은 공익사업의 공공성을 확보하기 위해서 인바, 이를 이용하여 조세회피 수단으로 사용할 개연이 높다. 이에 사후 관리 규정을 두어 의무를 위반한 것으로 확인되는 경우에는 세금을 추징하게 된다.

1. 출연재산의 직접공익목적사업 등에 사용의 사후관리(相贈法 48 ② 1호)

공익법인이 재산을 출연받은 때에는 직접공익목적사업에 사용하거나 출연받은 날로부터 3년 내에 공익목적사업 등에 전부 사용하여야 한다. 만일 사용하지 않을 경우에는 그 사용하지 않은 금액에 대해서는 공익법인이 증여받은 것으로 보아 증여세를 부과한다.

증여세과세가액 ＝ 직접공익목적사업 등 외에 사용한 재산의 가액 ＋ 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 재산의 가액

1) 공익목적사업의 범위

공익목적사업 등이란 정관 등에 규정되어 있는 당해 법인의 고유목적사업을 말하며 고유목적사업의 재원을 마련하기 위하여 운영하는 수익사업을 포함하는 개념이다. 따라서 출연재산을 직접공익목적사업에 사용하거나 수익사업 또는 수익용으로 투자하여 운용하는 경우에도 공익목적사업 등에 사용한 것으로 보는 것이다. 단, 공익법인 등이 운용소득으로 수익용재산을 취득한 금액은 직접공익목적사업 사용 금액에 포함하지 아니한다.

2) 직접공익목적사업 등에 사용한 금액의 범위(相贈通 48－38…2)

직접공익목적사업 등에 사용한 금액은 다음 중 하나의 경우를 말한다.

⑴ 출연재산이 현금인 경우

① 직접공익목적사업용 재산을 취득하기 위하여 지출한 금액
② 직접공익목적사업비로 지출한 금액
③수익사업용 또는 수익용 재산을 취득하기 위하여 지출한 금액

⑵ 출연재산이 제1항 외의 재산인 경우

① 직접공익목적사업에 사용하는 재산의 금액
② 수익사업용 또는 수익용 재산으로 사용되는 재산의 금액
③ 당해 출연재산 매각대금으로 제1항 각목의 용도에 지출한 금액

⑶ 출연 받은 재산(수익용·수익사업용으로 운용하는 재산을 제외)을 당해 공익법인의 공익
목적사업과 동일한 공익목적사업을 영위하는 다른 공익법인에 출연하는 경우에도 공익
목적에 사용하는 것으로 본다.
다만, 사립학교법에 의한 학교법인이 수익용 기본재산인 토지·건물을 다른 학교법인의
교육사업용으로 출연하는 경우에는 공익목적에 사용한 것으로 본다.

3) 출연받은 날로부터 3년 내에 사용 여부

출연재산은 공익사업을 수행하는 재원으로서 이를 임의로 장기간 방치해 둘 수는 없는 것이므로 출연일로부터 3년 이내에는 전부 사용하여야 한다.
단, 출연받은 재산을 직접공익목적사업에 사용함에 있어서 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유나 출연재산의 고유목적사업 사용에 장기간이 소요되는 경우로서 주무부장관이 예외로 사용기간을 인정한 경우에는 그 날까지 사용하여야 한다. 이 경우 주무부장관이 인정한 사실을 출연재산의 사용계획 및 진도 보고서 등과 함께 납세지 관할세무서장에게 보고하여야 한다(相贈法 48 ② 1호 단서).

4) 공익목적 외에 사용하거나 3년 내 미사용 하는 경우

출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 포함) 외에 사용하거나 출연받은 날로부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우에는 공익목적사업 등 외에 사용하였거나 미사용된 재산의 가액을 증여가액으로 하여 공익법인에게 증여세를 부과한다.
단, 출연받은 재산 중 일부를 다음 사유로 직접 공익목적에 사용할 수 없는 때에는 증여세 과세 및 가산세 부과시 출연받은 재산가액에서 차감하여 계산한다.
o 공익법인 등의 이사 및 사용인의 불법 행위로 인하여 출연받은 재산 등이 감소된 경우
(다만, 출연자 및 그 친족의 불법 행위로 인한 경우 제외)
o 출연받은 재산 등을 분실하거나 도난 당한 경우

5) 증여세의 연대납세 의무

공익법인이 사후관리 요건을 위배하여 증여세가 추징되는 경우에는 당초 출연자에게도 연대 납세의무를 부여한다.

[1] 장학사업을 영위하는 공익법인이 정관상 고유목적사업인 장학사업 수행을 위하여 출연받은 건물을 직접 사용하는 경우에는 직접 공익목적사업에 사용하는 것으로 보는 것임(제도 46014－12636, 2001.8.11.).

[2] 공익법인이 출연받은 토지를 불법매각하고 그 대금을 유출해 고유목적사업 외에 임의로 사용한 경우 ‘3년 내 사용기간’에 관계없이 ‘매각시점’에 즉시 증여세 추징 대상임(국심 2000서2243, 2001.2.21.).

[3] 공익법인이 1990.9.25. 출연받은 재산을 3년 이내에 출연목적에 사용하지 않은 경우, 3년이 되는 1993.9.25.을 과세요인이 발생한 날을 증여재산 평가시점으로 해 과세함(감심 98－38, 1998.2.10.).

2. 출연재산의 매각 금액의 직접공익목적 사용의 사후관리(相贈法 48 ② 4호, 4호의2)

공익법인이 출연받은 재산을 매각하고 그 매각금액을 1년 이내에 30%, 2년 이내에 60%, 3년 이내에 90%를 직접공익목적에 사용하여야 한다.

1) 직접공익목적사업의 개념

여기서 [직접공익목적사업]이라함은 “출연 받은 재산을 직접공익목적사업에 3년 내에 사용하지 않은 경우에서의 [공익목적사업 등]”과는 달리 당해 공익법인의 정관상 고유목적사업만을 말하는 것임을 유의하여야 한다. 예를 들면 장학사업·사회복지사업 등에 직접 사용되는 비용이 여기에 해당한다.
매각 대금에는 총매각대금에서 자산 매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 차감한 것으로 한다.

2) 직접공익목적사업에 사용한 금액의 범위(相贈通 48－38…3)

영 제38조 제2항 및 동조 제4항에 규정하는 직접공익목적사업 사용금액의 범위는 다음의 경우를 말한다.

①공익법인 등이 그 정관상의 고유목적사업의 수행에 직접 사용하는 자산을 취득하는데
소요된 금액은 이를 직접공익목적사업 사용금액에 포함한다.
②공익법인 등이 그 공익법인 등의 정관상의 고유목적사업을 수행하기 위하여 지급한
사용인의 인건비 등 관리비는 직접공익목적사업에 사용한 금액에는 포함하지 아니한다.
다만, 의사, 고아원·탁아소의 보모, 도서관의 사서, 학교의 교사 등에게 지급하는 급여 및
고유목적사업에 직접 사용하는 시설(병원·고아원·탁아소·도서관·학교 등을 말한다)의
수선비, 전기료 등 관리비는 직접공익목적사업에 사용한 금액에 포함한다.
③공익법인 등이 운용소득으로 수익용재산을 취득한 금액은 직접공익목적사업 사용금액에
포함하지 아니한다.

3) 사용기준금액에 미달사용 하는 경우

출연 재산 매각일이 속하는 사업연도의 종료일부터 1년 내에 30%, 2년 내에 60% 이상을 직접공익목적사업에 사용하지 아니할 경우에는 매각 대금 중 2년 이내에 각각의 비율에 미달하게 사용하는 금액에 대하여는 2000.12.29.이 속하는 사업연도부터 미달 사용액의 10%의 가산세를 부과한다.

3. 출연재산 운용소득의 직접공익목적에 사용, 일정기준금액에 미달하게 사용한 경우 사후관리(相贈法 48 ② 3호, 相贈令 38 ⑤, ⑥)

공익법인이 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득금액을 직접공익목적사업에 그 사업연도 종료일로부터 1년 이내에 70% 이상을 사용하여야 한다.

1) 출연재산 운용소득 개념

출연재산을 법인세법 제3조 제2항 각호에 게기하는 수익사업 또는 수입이나 예금 등 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액을 법인세법 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득계산 방법에 준하여 계산한 금액(출연재산을 3년 이내에 처분함으로써 생긴 소득은 제외하고 법인세법 제29조 제1항에 규정하는 고유목적사업 준비금을 포함한다)을 말한다.
다만, 법인세가 부과되지 아니하는 등의 이유로 법인세 과세표준을 신고하지 아니하는 경우에는 그 공익법인의 결산 재무제표상 당기순이익을 기준으로 운용소득을 계산하되, 사업용 고정자산이나 기타 수익의 원천이 되는 자산을 처분하거나 평가함으로써 생긴 소득은 운용소득에 포함하지 아니한다.

2) 운용소득의 사용기준(相贈令 38 ⑤, ⑥)

출연재산을 수익사업에 사용한 결과 발생한 운용소득에 대하여는 당해소득에 대한 법인세 또는 소득세·농어촌특별세·주민세와 이월결손금을 공제한 금액의 70% 이상을 그 소득이 발생한 사업연도의 말일로부터 1년 내에 직접 공익목적사업에 사용하여야 한다.

기준금액 산출방법：(① － ② ＋ ③) × 70%

① 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액
(+) 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액
(-) 출연재산매각대금(공익법인 등이 출연받은 재산 및 출연받은 재산으로 취득한 재산 중
매각한 재산의 금액)
(+) 고유목적사업준비금과 손금에 산입한 고유목적사업비
(+) 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액(분리과세 선택 이자 소득 포함)
② 당해 소득에 대한 법인세(소득세)·농어촌특별세·주민세 및 이월결손금
③ 직전연도 운용소득 미달 사용금액 - 미달 금액에 대한 가산세

3) 직접공익목적사업에 사용한 금액의 범위(相贈通 48－38…3)

영 제38조 제2항 및 동조 제4항에 규정하는 직접공익목적사업 사용금액의 범위는 다음 각항의 1에 의한다.
① 공익법인 등이 그 공익법인 등의 정관상의 고유목적사업의 수행에 직접 사용하는 자산을
취득하는데 소요된 금액은 이를 직접공익목적사업 사용금액에 포함한다.
② 공익법인 등이 그 공익법인 등의 정관상의 고유목적사업을 수행하기 위하여 지급한
사용인의 인건비 등 관리비는 직접 공익목적사업에 사용한 금액에는 포함하지 아니한다
(2000.1.1. 이후 법개정으로 인건비·관리비를 운용소득의 30%범위 내에서 지출할 수 있도록
개선하였다). 다만, 의사, 고아원·탁아소의 보모, 도서관의 사서, 학교의 교사 등에게 지급
하는 급여 및 고유목적사업에 직접 사용하는 시설(병원·고아원·탁아소·도서관·학교 등을
말한다)의 수선비, 전기료 등 관리비는 직접공익목적사업에 사용한 금액에 포함한다.
③ 공익법인 등이 운용소득으로 수익용재산을 취득한 금액은 직접공익목적사업 사용금액에
포함하지 아니한다.

4) 수익사업용 재산의 운용소득 중 직접공익목적사업에 사용하는 금액 기준
(相贈通 48－38…4)

① 사업용고정자산이나 기타 수익의 원천이 되는 재산을 처분하거나 평가함으로써 생긴
소득은 법 제48조 제2항 제3호의 규정에 의한 출연받은 재산의 운용소득에 포함하지
아니한다.
② 영 제38조 제4항 제1호에서 “법 제48조 제2항 제4호의 규정에 의한 출연재산 매각금액”
이라 함은 공익법인 등이 출연받은 재산 및 출연받은 재산으로 취득한 재산 중 매각한
재산의 금액을 말한다.
③ 법 제48조 제2항 제3호 및 영 제38조 제5항에서 직접공익목적사업에 사용한 실적은
수익사업용 또는 수익용으로 사용하는 출연재산의 운용소득을 재원으로 하여 직접공익
목적사업에 사용한 금액의 합계액을 말한다.
④ 법 제48조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 직접공익목적사업에 사용한 금액이 재원별로
구분할 수 있는 경우에는 실제구분에 의하고 구분할 수 없는 경우에는 출연재산 운용소득·
출연재산 매각 금액·출연받은 재산·기타 재산의 순서대로 사용한 것으로 본다.

o 직접공익목적사업 사용금액 계산방법

직접공익목적사업 사용 기준액은 수익용 또는 수익사업용으로 사용하는 재산별로 계산하는 것이 아니라 공익사업의 전체 출연재산운용소득을 기준하여 계산하는 것임(재산 46014－630, 1995.3.15.).

5) 사용의무의 탄력적 운용

출연재산 운용소득 및 직접 공익목적 사용금액은 당해연도와 직전 4개 사업연도 5년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있다.
출연재산 운용소득 등을 공익사업에 사용함에 있어 사업연도별로 많이 지출하거나 적게 지출할 수 있으므로 사용의무 기준금액과 사용실적을 각각 5년 평균액을 기준으로 계산할 수 있도록 하고 있다.
즉, 당해 사업연도에 미달사용금액이 있더라도 운용소득과 공익사업에 사용한 실적을 각각 5년간 평균하여 그 사용금액이 사용기준금액에 미달하지 않으면 적정하게 사용한 것으로 보는 것이다.

6) 사용기준금액에 미달하게 사용한 부분에 대한 증여세 과세

수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 출연재산의 운용소득 중 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 운용소득금액의 70%에 미달하는 경우에는 출연재산가액 중 그 미달사용된 금액이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 증여가액으로 하여 공익법인에게 증여세를 부과한다.

＊증여세 과세가액 ＝출연재산의 평가가액 × 사용기준에 미달하게 사용한 금액/사용기준금액

상기 산식에 의한 계산은 재산종류별로 하는 것이 아니라 전체 출연재산운용소득을 기준으로 계산한다.

7) 출연재산의 평가

출연하는 재산의 가액은 출연일 현재 시가에 의해 평가한다. 시가가 불분명한 경우에는 상속세 및 증여세법 제4장에서 규정하는 평가방법에 의하여 평가한 가액을 시가로 본다.
그러나 공익법인이 출연받은 재산에 대해 증여세를 추징하는 경우에는 직접 공익목적사업에 사용해야 할 사업연도의 직전 사업연도 말 현재 대차대조표상 가액을 기준으로 한다. 다만, 대차대조표상 총자산가액이 시가의 70% 이하인 경우에는 시가로 평가한다.
이 경우 출연재산 중 1년 이상 보유한 주식이 있는 경우 위의 규정에도 불구하고 그 주식은 액면가액을 기준으로 평가한다.

4. 내국법인의 주식 등을 5% 초과하여 출연받은 경우 사후관리(相贈法 48 ①)

원칙적으로 공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세과세가액에 산입하지 않는다. 다만, 공익법인 등이 내국법인의 주식 등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식 등과 다음 각항의 1의 주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 경우에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 계산한 초과부분은 증여세를 과세한다.
① 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등
② 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 공익법인 등 외의 다른 공익법인 등에 출연한
동일한 내국법인의 주식 등

1) 5% 초과 출연가액 계산방법

공익법인이 주식을 출연받는 날 출연받은 주식과 현재 다음의 공익법인이 보유하는 동일한 내국법인의 주식을 합하여 발행주식총수의 5% 초과여부를 계산한다.
① 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등
② 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 공익법인 등 외의 다른 공익법인 등에 출연한
동일한 내국법인의 주식 등

2) 내국법인 주식 등의 초과보유금액 평가시기

법 제48조 제1항 단서 및 동조 제2항 제2호의 규정에 의한 주식 등의 초과부분은 다음 각호의 1에 해당하는 날을 기준으로 계산한다.
① 공익법인 등이 매매 또는 출연에 의하여 주식 등을 취득하는 경우에는 그 취득일
② 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등을 발행한 내국법인이 자본 또는 출자액을 증가시
키기 위하여 발행한 신주 중 공익법인 등에게 배정된 신주를 유상으로 취득하는 경우에는
그 취득하는 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도 중 상법 제354조의 규정에 의한 주주명
부의 폐쇄일 또는 권리행사 기준일(주식회사 외의 회사의 경우에는 과세기간 또는 사업
연도의 종료일로 한다)

3) 특수관계 있는 자 및 특수관계에 있는 출연자의 범위

당해 내국법인 및 그 내국법인의 주주 1인과 다음의 각항의 1에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.
① 친족
② 사용인과 사용인 외의 자로서 당해 주주 등의 재산으로 생계를 유지하는 자
③ 재정경제부령이 정하는 기업집단의 소속기업(당해 기업의 임원인 자를 포함한다)과 다음
각항의 1의 관계에 있는 자 또는 당해 기업의 임원에 대한 임면권의 행사·사업방침의 결정
등을 통하여 그 경영에 대하여 사실상의 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자
가. 기업집단소속의 다른 기업
나. 기업집단을 사실상 지배하는 자
다. 나목의 자의 친족
④ 주주 등 1인과 제1호 내지 제3호의 자가 이사의 과반수를 차지하거나 재산을 출연하여
설립한 비영리법인
⑤ 제3호 본문 또는 동호 가목의 규정에 의한 기업의 임원이 이사장인 비영리법인
⑥ 주주 등 1인과 제1호 내지 제5호의 자가 발행주식총수 등의 100분의 30 이상을 출자하고
있는 법인
⑦ 주주 등 1인과 제1호 내지 제6호의 자가 발행주식총수 등의 100분의 50 이상을 출자하고
있는 법인
⑧ 주주 등 1인과 제1호 내지 제7호의 자가 이사의 과반수를 차지하거나 재산을 출연하여
설립한 비영리법인

4) 5% 초과시 증여세 과세방법

5%를 초과하여 주식을 출연받는 경우 출연일 현재 5%를 초과하는 가액을 증여가액으로 하여 공익법인에게 증여세가 과세된다. 만일 이 경우 공익법인에게 부과된 증여세를 출연자가 소유하는 재산으로 대신 납부하는 경우에는 이를 새로운 출연으로 본다.

5. 출연재산으로 내국법인의 주식을 5% 초과하여 취득하는 데 사용하는 경우 사후관리

출연받은 재산(당해 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식 등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 취득하는 주식 등과 다음 각항의 1의 주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 경우 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 증여세를 부과한다.
① 취득당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등
② 당해 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 당해 공익법인 등 외의 다른 공익법인 등에
출연한 동일한 내국법인의 주식 등

1) 5% 초과 출연가액 계산방법

공익법인이 주식을 출연받는 날 출연받은 주식과 현재 다음의 공익법인이 보유하는 동일한 내국법인의 주식을 합하여 발행주식총수의 5% 초과여부를 계산한다.
① 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등
② 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 공익법인 등 외의 다른 공익법인 등에 출연한
동일한 내국법인의 주식 등

2) 내국법인 주식 등의 초과취득금액 평가시기

공익법인이 주식을 취득하는 날 현재 다음의 공익법인이 보유하는 주식을 합하여 발행주식총수의 5% 초과여부를 계산한다.
그러나, 공익법인이 유상증자에 의하여 주식을 취득하는 경우에는 그 취득이 부득이한 것으로 보아 유상증자일이 속하는 사업연도의 주주명부 폐쇄일까지 유예기간을 두어 그 기간 내에 5% 초과분을 처분하는 경우에는 증여세 과세대상에서 제외하고 있다.

3) 5% 초과시 증여세 과세방법

5%를 초과하는 주식의 취득가액에 대하여 공익법인에게 증여세가 과세된다.

6. 공익법인 등의 주식 보유기준(相贈法 49)

공익법인이 동일 주식을 과다하게 보유함으로써 지주회사화되는 폐해를 방지하고 분산투자를 통해 공익사업 운영을 바람직하게 하기 위해 보유기준을 설정하고 있다. 상속세 및 증여세법에서 규정하고 있는 규정은 다음과 같다.
공익법인 등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식 등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 기간까지 당해 발행주식총수 등의 100분의 5(이하 “주식 등의 보유기준”이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인 등의 공익기여도 등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등과 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 공익법인 등에 대하여는 그러하지 아니하다.
① 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등의 지분율이 발행주식총수 등의 100분의 5를
초과하고 100분의 20 이하인 경우에는 1999년 12월 31일까지
② 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등의 지분율이 발행주식총수 등의 100분의 20을
초과하는 경우에는 2001년 12월 31일까지

1) 5% 초과보유의 판정

당해 공익법인이 보유하고 있는 동일한 내국법인주식과 동일한 내국법인 및 동 내국법인의 지배주주(2000년부터는 특수관계인의 범위를 기업집단 소속기업 또는 그 임원 등에게까지 확대함)로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인이 보유하는 동일한 주식을 합산하여 총발행주식수의 5% 초과여부를 판정한다.

2) 주식보유기준 적용제외 성실공익법인

“직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인 등의 공익기여도 등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등과 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 공익법인 등에 대하여는 그러하지 아니하다”라고 하여 성실공익법인에 대해서는 주식보유기준을 적용하지 않는다.
성실공익법인 등의 판정은 공익법인 등의 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재를 기준으로 한다. 다만, 최초로 당해 성실공익법인 등을 판정하는 경우에는 법 제49조 제1항 각호의 1에서 규정(공익법인 등의 주식의 보유기준)하는 기간의 종료일로 한다.

⑴ 성실도 판정기준에 적합한 공익법인

당해 공익법인 등의 운용소득의 90% 이상을 직접 공익 목적사업에 사용한 공익법인 등을 말한다.

⑵ 정부투자기관이 출연한 공익법인

①：국가·지방자치단체가 재산을 출연하여 설립한 공익법인
②：‘①’의 공익법인이 재산을 출연하여 설립한 공익법인
③：정부투자관리기본법상의 정부투자기관이 재산을 출연하여 설립한 공익법인
④：‘③’의 공익법인이 재산을 출연하여 설립한 공익법인

3) 주식초과 보유에 대한 가산세 부과

공익법인이 주식처분유예기간 경과 후에도 특수관계에 있는 공익법인이 보유하고 있는 동일종목의 주식과 합하여 5%를 초과하여 보유하는 경우에는 각 유예기간의 종료일 현재 5%를 초과하여 보유하는 주식의 매사업연도말 시가의 5%를 가산세로 10년까지 부과한다.
또한 공익법인이 보유할 수 있는 계열기업의 주식보유한도를 총재산가액의 30% 이하로 추가적으로 제한하였다.

7. 출연자 등의 이사 취임시 지켜야 할 일(相贈法 48 ⑧)

출연자 또는 그와 특수 관계에 있는 자가 공익법인 등(의료법인은 제외)의 이사 현원의 1/5를 초과하여 이사가 되거나, 당해 공익법인 등의 임직원이 되는 경우에는 가산세가 부과 된다.

8. 특정기업의 광고 등 행위 금지(相贈法 48 ⑩)

2000.1.1.부터 공익법인이 특수 관계에 있는 내국법인의 이익을 증가시키기 위하여 정당한 대가를 받지 아니하고 광고, 홍보를 하는 경우에는 가산세를 부과한다.

9. 자기내부거래시 사후관리(相贈法 48 ③)

자기내부거래라 함은 특수관계자 간에 내부거래를 통하여 무상으로 이익을 이전하는 것을 말하는 것으로 공익법인이 출연 받은 재산을 출연자 및 그와 특수관계 있는 자가 사용·수익하는 경우에는 그 제공된 이익에 상당하는 가액을 공익사업에 사용하지 아니한 것으로 보아 증여세를 과세한다. 다만, 타인과 동등한 조건으로 출연재산을 사용·수익하는 경우에는 출연재산을 공익사업에 사용한 것으로 인정하고 있다.

10. 공익법인 수혜자범위에 대한 사후관리(相贈法 48 ② 5호, 相贈令 38 ⑧ 2호)

공익법인이 출연받은 재산이 사회전체의 불특정다수인의 이익을 위하여 사용되지 아니하고 출생지·직업·학연 등에 의하여 특정계층에만 공익사업의 혜택이 제공되는 경우에는 출연받은 재산을 공익목적에 맞게 사용하지 아니한 것으로 보아 공익법인에 대하여 증여세를 과세한다. 다만, 주무부장관과 재정경제부장관이 협의하여 공익법인 설립허가조건으로 붙인 경우와 공익법인의 설립시 또는 정관의 변경허가를 받는 경우에 당해 공익법인의 주무부장관이 재정경제부장관과 협의하여 공익법인이 공익사업 수혜자를 한정하는 것에 대하여 타당성이 있다고 인정하는 경우에는 증여세 과세대상에서 제외하고 있다.
이 경우 행정권한의 위임 및 위탁에 관한 규정에 의하여 공익법인 설립허가에 관한 권한이 위임된 경우에는 당해 권한을 위임받은 기관과 그 공익법인의 관할세무서장이 수혜자범위를 한정 협의할 수 있다.

11. 공익법인 해산시 잔여재산에 대한 사후관리(相贈法 48 ② 5호, 相贈令 38 ⑧ 1호)

공익법인이 보유하고 있는 재산은 공익사업을 목적으로 출연된 재산이므로 공익법인이 공익사업을 종료하고 해산시에는 그 잔여재산을 국가·지방자치단체 또는 당해 공익법인과 유사한 공익사업을 영위하는 공익법인에 귀속시켜야 함에도 그 이외의 자에게 귀속시킨 경우에는 그 귀속자에 대하여 증여세(영리법인의 경우 법인세)가 과세된다.

12. 출연자 등의 이사취임에 대한 가산세 부과(相贈法 78 ⑥)

1996.12.31.이전에는 공익법인에 출연자 및 그와 특수관계자가 이사 등에 취임 및 고용되는 경우에는 증여세를 과세하였으나 1997.1.1. 이후부터는 관련규정을 삭제하여 과세하지 않았다. 그러나 2000.1.1. 이후에는 출연자 및 그와 특수관계자의 이사취임 및 고용에 다음과 같은 제한을 두었다.

1) 이사 현원의 1/5 초과 금지

만일 이사 현원이 1/5 초과할 경우 초과 이사 등에 지급한 경비를 가산세로 부과한다.
1/5 기준 초과 이사에 대한 가산세는 나중에 취임한 이사와 관련된 경비부터 적용하고 취임일이 같을 경우에는 지출경비가 큰 자부터 부과한다(1999.12.31. 현재 출연자 등이 1/5을 초과하여 공익법인의 이사취임 등을 하고 있는 경우 그 초과하는 인원의 50% 이상은 2000.12.31.까지, 그 나머지 인원은 2001.12.31.까지 감소시켜야 한다.).
이사와 관련된 경비의 범위는 다음을 예로 들어 볼 수 있다.

[예] 급료 및 판공비, 비서실 운영경비 차량유지비 등이 있다.

2) 출연자 및 그 특수관계인이 공익법인의 임·직원으로 고용될 경우 그 직·간접경비를 가산세
로 징수한다. 다만, 의사, 교사, 탁아소의 보모, 도서관의 사서와 관련된 경비는 가산세
부과에 있어서 제외한다.


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